План разгрома восстания был разработан новым министром обороны Рамоном Магсайсаем, бывшим до назначения на этот пост депутатом конгресса от провинции Самбалес. Магсайсай обладал значительным военным опытом и хорошо разбирался в тактике партизанской войны — в годы оккупации он участвовал в движении Сопротивления, затем служил в ЮСАФФЕ и в 1945 г. занимал пост военного губернатора провинции Самба-лес. Под его руководством была осуществлена акция по аресту в Маниле членов внутреннего Политбюро, местопребывание которых было раскрыто специально засланным осведомителем. В результате 18 октября 1950 г. полиция арестовала многих известных руководителей КПФ, в числе которых были Хосе Лава, Ф. Макланг, Р. Эспириту и др. Всего было схвачено 105 активистов компартии. Против повстанцев были брошены части регулярной армии, численность которой была увеличена до 22,5 тыс. Большую роль в разгроме восстания играла американская военно-экономическая помощь. С лета 1950 г. на Филиппинах работала специальная Американская миссия (Миссия Белла) по обследованию экономического положения в стране. Правительство Кирино получило в 1950 г. от США финансовую помощь в размере 250 млн. долл. В 1951 г. было подписано филиппино-американское соглашение о взаимном обеспечении безопасности, предусматривавшее поставки оружия. Магсайсай опирался на американских военных советников. Некоторые из них непосредственно руководили военными операциями против хуков. В конце 1950 — начале 1951 г. широкое наступление правительственных войск привело к ряду тяжелых поражений АОС. В итоге этой кампании было убито около 2 тыс. хуков и почти столько же захвачено в плен. С 1951 г. восстание пошло на убыль. В результате новой кампании («Операция четырех роз») в 1952 г. в горах Сьерра-Мадре правительственные войска захватили ряд руководителей и командиров АОС. Началась серия судебных процессов (продолжавшихся до 1954 г.) над лидерами КПФ и военными руководителями Хукбалахап.
Помимо военно-карательных методов Магсайсай широко применял различные формы «инфильтрации» в ряды хуков (с помощью действовавшего в АОС большого числа информаторов, провокаторов и т. п.). Он также старался привлечь крестьян обещаниями аграрных преобразований. Начатая им практика предоставления земельных участков хукам, сложившим оружие, вызвала отход от вооруженной борьбы части ^крестьян. Однако сужение социальной базы восстания (этот процесс протекал одновременно с военными поражениями партизанских сил) вызывалось не только политикой правительства. Сказывалась и усталость крестьян, не расстававшихся с оружием в общей сложности около десяти лет, и тот факт, что для большинства крестьян были теперь недостаточно ясны и понятны цели движения. В 1953 г. восстание было подавлено. Незначительные остатки частей хуков были разбросаны в горах провинций Центрального Лусона (главным образом в Пампанге и Тарлаке).
Неудавшееся восстание привело к почти полному уничтожению руководящих кадров КПФ, разгрому всех прогрессивных организаций. Во внутриполитической жизни усилилась реакция, антикоммунизм стал основой государственной политики правящих кругов. Антиимпериалистическое и демократическое движение, поставленное в чрезвычайно трудные условия, пошло на убыль. В 1948 г. распался Демократический альянс. Правительство в 1951 г. запретило два крупнейших прогрессивных профсоюзных центра — Конгресс рабочих организаций (к этому времени он объединял до 100 тыс. рабочих) и Филиппинскую рабочую федерацию, обвинив их в подрывной деятельности. Запрет КРО и ФРФ сопровождался арестом их руководителей, Амадо Эрнандеса и Хосе Навы, и многих левых профсоюзных деятелей. Заметно уменьшились масштабы стачечного движения — с 56 забастовок в 1948 г. до 13 в 1953 г., с сокращением числа забастовочных человеко-дней с 381 тыс. до 149 тыс. Многим профсоюзам, не устраивавшим правительство, было отказано в регистрации, в результате чего количество разрешенных союзов сократилось с 1040 в 1950 г. до 719 в 1952 г. Правительство Кирино стало проводить курс на раскол рабочего движения, внедрение реформистской идеологии и организацию антикоммунистических профсоюзов.