Среди филиппинских маоистов в конце 60-х годов наиболее активно действовала группировка, возглавляемая Хосе Марией Сисоном (Амадо Герреро). Сисон (род. в 1939 г.) вышел из семьи землевладельцев Южного Илокоса, получил образование в Университете Филиппин и во второй половине 60-х годов занимался преподаванием филиппинской и английской литературы и политологии в Манильском лицее. В начале 60-х годов он вступил в компартию, в 1964 г. стал членом ЦК и затем политбюро ЦК КПФ, занимаясь в основном работой среди молодежи. Сисон был одним из основателей и президентом организации «Патриотическая молодежь», первоначально стоявшей на платформе Коммунистической партии. Он был также одним из редакторов основанного в 1963 г. журнала «Прогрессив Ревью», проводившего значительную работу по пропаганде марксистских идей. Во второй половине 60-х годов, с переходом Сисона и части руководства КПФ на маоистские позиции, журнал изменил свое направление, занявшись пропагандой идеологических установок и лозунгов маоизма. В 1967 г. Сисон и его группа внутри КПФ попытались толкнуть партию на путь левацкого «революционаризма», выступив с заявлением о необходимости возвращения к вооруженным формам борьбы как единственному средству «национального и социального освобождения». Выступление группы Сисона произошло вскоре после его визита в Пекин (1966 г.). Оно встретило решительный отпор со стороны большинства в руководстве КПФ. Сисон был исключен из партии за фракционную деятельность и карьеризм.
В этот же период маоисты предприняли шаги к расколу массовых прогрессивных организаций, попытались взять в свои руки контроль над СПФ, МАН, МАСАКА. Им удалось склонить на свою сторону председателя СПФ Локсина (хотя у него существовали серьезные разногласия с Сисоном), некоторых рабочих лидеров, но в целом рабочее движение осталось вне влияния маоистов. На позиции маоизма перешла часть крестьянских руководителей из организации МАСАКА, но большинство ее руководства продолжало поддерживать контакты с Коммунистической партией Филиппин. Не удалось маоистам создать и собственные промаоистские крестьянские организации. Действия маоистов внесли раскол в Движение за развитие национализма, влияние маоистской идеологии усилилось главным образом в среде интеллигенции и студенческой молодежи, участников МАН. Самое сильное и прочное воздействие маоистская пропаганда оказала на студенческое движение (в основном на учащихся Университета Филиппин и других столичных учебных заведений), что объясняется общим процессом его радикализации — помимо маоистских в студенческой среде появилось множество других левоэкстремистских группировок (анархистского толка, дебреистов и т. п.). По социальному составу молодежь, подверженная ультралевым настроениям, представляла средние слои и городскую мелкую буржуазию.
Под контролем маоистов к концу 60-х годов находился ряд молодежных организаций, в том числе наиболее крупные — «Патриотическая молодежь», возглавляемая Сисоном (марксистская группа вышла из нее в 1967 г.), и Движение за демократические Филиппины.
Сисон, ставший главным идеологом филиппинских маоистов, и контролируемые им молодежные организации осуществляли непосредственные контакты с Пекином. В 1968 г. при поддержке китайского руководства Сисон начал подготовку к созданию в подполье параллельной «коммунистической» партии и возобновлению партизанской войны. С этой целью группировка Сисона установила связи с руководителями отрядов так называемых новых хуков, действовавших в Центральном Лусоне (в основном в провинциях Пампанга и Тарлак). «Новые хуки» представляли собой мелкие, разрозненные вооруженные группы крестьян, часть которых возникла из остатков партизанских отрядов, уцелевших после разгрома восстания 1948–1953 гг. К концу 60-х годов в их составе уже почти не оставалось хуков старшего поколения. Некоторые из этих отрядов выродились в вооруженные гангстерские банды, часть руководителей «новых хуков» начали усердно обрабатывать маоисты. Одним из таких руководителей был командир Данте (Бернабе Бускайно), крестьянин, выходец из деревни Капас в Харлаке, действовавший со своим отрядом в этой провинции. В декабре 1968 г. в Капасе произошла встреча Сисона и Бускайно, положившая начало созданию «Коммунистической партии идей Мао Цзэ-дуна». Ее генеральным секретарем стал Сисон, а в состав ЦК кроме ряда деятелей из группы Сисона вошли Бускайно и семеро командиров «новых хуков». Тогда же была достигнута договоренность о развертывании партизанской войны. В марте 1969 г. была создана Новая народная армия (ННА), возглавленная Данте и состоявшая из нескольких крестьянских отрядов и студентов-маоистов.