С началом голландской экспансии в Юго-Восточной Азии борьба филиппинских мусульман вступила в период нового-подъема. Сложившаяся обстановка, отвлечение внимания и сил испанцев от южных районов позволили моро перейти к активным наступательным действиям, рассчитанным на ослабление испанских позиций на Филиппинах, укрепление и расширение собственных территорий. Военно-стратегические планы правителей султанатов учитывали возможность получения военной помощи от голландцев как потенциальных союзников в борьбе против общего врага — испанцев.
В 1602–1605 гг. в результате нескольких военных экспедиций из Магинданао были разбиты испанские гарнизоны на Ка-ламианских островах и Восточных Висайях, вывезены большие партии военнопленных, местное население обложено данью в пользу султана. Испанские власти, поставленные перед необходимостью вести борьбу на два фронта — против голландцев и против мусульман, вынуждены были прибегать к сложным военно-дипломатическим маневрам в отношении моро, с тем чтобы обезопасить южные границы колонии. В 1606 г. удалось подписать мирный договор с султаном Магинданао. Его заключению в большой степени способствовала дипломатическая деятельность монаха-иезуита Мельчора Уртадо, отправленного на Минданао в качестве официального посланника испанского генерал-губернатора. Религиозные ордена проявляли вообще большой интерес к военным вопросам. Многие монахи были участниками военных операций против голландцев и моро, действовали как военные специалисты и советники. Испанские власти неоднократно прибегали к дипломатическому искусству монахов и их знаниям в военно-теоретической области. Им принадлежала, в частности, разработка планов военно-морской обороны Манилы и создания укреплений на севере Минданао. В отношении моро особую активность проявляли иезуиты, занимавшиеся миссионерской деятельностью среди неисламизи-рованного населения Северного Минданао.
Договор 1606 г. принес ненадолго спокойствие в районы испанских Филиппин, граничивших с мусульманскими территориями на Минданао. С 1608 г. период затишья сменился новой волной крупных военных операций моро на Висайях и Каламианских островах. Испанцы, отразив нападение голландского флота на Манилу, вступили в переговоры с султаном Магинданао, закончившиеся подписанием мирного договора весной 1609 г. В течение 25 лет правители Магинданао не предпринимали попыток организации крупных военных экспедиций против испанцев. Изменение их политики было связано с напряженной внутренней и внешней обстановкой в султанате — дина-стийными войнами и обострением противоречий с соседними государствами на Калимантане и Сулу.
С другим южнофилиппинским султанатом, Сулу, военные конфликты продолжались. В первой четверти XVII в. во главе султаната стоял раджа Бонгсу, опиравшийся в борьбе против испанцев на военную помощь своего родственника, султана Брунея. Бонгсу одним из первых среди мусульманских правителей попытался заключить военный союз с голландцами (1614 г.). Последние, однако, не располагая в то время достаточными военными ресурсами, ограничились неопределенными обещаниями.
В 1615–1630 гг. моро Сулу провели несколько успешных военных кампаний, причем наиболее сильному разгрому подверглись прибрежные пункты провинции Камаринес и корабельныеверфи в Кавите. Испанцы предприняли две ответные военные экспедиции в Сулу. В 1628 г. они сумели захватить столицу султаната — Холо, разрушили султанский дворец, мечети, захватили много золота и жемчуга. Султан со своими приближенными и частью населения города укрылся в крепости в горах, защищаясь от атак испанцев испанскими пушками, захваченными во время недавних набегов в арсеналах Камаринеса и Кавите. Испанцы не смогли овладеть крепостью и вынуждены были уйти на о-в Басилан (союзный Сулу). Вторая испанская экспедиция в 1630 г. закончилась поражением испанцев. Подойдя к Холо и не сумев захватить город, вновь отстроенный и хорошо подготовленный к защите, испанская эскадра ушла на север, понеся большие людские потери.