В то же время попытку укрепиться на юге архипелага предприняли и французы, интерес которых к этому району был связан с поисками удобной опорной базы на пути в Китай. С качала 40-х годов французские военные и торговые суда стали часто курсировать в море Сулу. В 1843 г. французские агенты заключили торговый договор с султаном Пулалуном. В 1844 г., после тоге как самалы из приморского поселения Малусо на Басилане напали на французское судно, убив офицера и захватив в плен трех матросов, французская военная эскадра, несмотря на протесты испанского губернатора Замбоанги, блокировала Басилан и соседние с ним мелкие острова. Испано-французский конфликт обострился в 1845 г., когда французский дипломатический представитель в Китае Грене начал переговоры с султаном Сулу о продаже Франции о-ва Басилан, вассальной территории султаната, под предлогом защиты французских кораблей от нападений самалов. В результате переговоров Пулалун согласился продать остров за 100 тыс. мекс. долл. Это соглашение не получило, однако, одобрения со стороны правительства Франции, не желавшего вступать в открытый конфликт с Испанией.
Тем не менее попытка французов укрепиться на юге Филиппин серьезно встревожила испанцев. В 1846 г. по приказу генерал-губернатора Клавериа на Басилане был выстроен еще один форт для защиты острова от новых попыток французских территориальных захватов. Одновременно испанцы стали проводить более активную политику по завоеванию и подчинению мусульманских районов. В 1846 г. они договорились с султаном Магинданао о передаче им довольно обширной территории в районе залива Давао (в восточной части Минданао). Но из-за сопротивления местного населения испанские колонизаторы к 1848 г. смогли захватить лишь прибрежный район. В 1846–1848 гг. продолжалась кампания по завоеванию группы островов Балангинги, находившихся в вассальной зависимости от султаната Сулу. Овладение этими островами, расположенными: между Басиланом и архипелагом Сулу, позволяло испанцам более эффективно контролировать район, входивший в сферу колониальных интересов европейских соперников Испании. Кроме того, испанцы были заинтересованы в покорении местных племен самалов, отличавшихся воинственностью и издавна занимавшихся морским пиратством, которое причиняло большой ущерб приморским районам Висайев и Южного Лусона. Сопротивление самалов было сломлено в 1848 г., после присылки из метрополии трех военных паровых судов, включенных в эскадру, которая блокировала центральный остров Балангинги, Испанские колонизаторы действовали с исключительной жестокостью. Они почти поголовно истребили все население острова, а немногих оставшихся в живых (преимущественно женщин и детей) отправили на Лусон и расселили в долине р. Кагаян. Были дотла разрушены три крепости самалов, выжжены селения, уничтожены посевы, вырублено несколько тысяч кокосовых пальм.
В то время, когда испанцы завершали кампанию по покорению самалов, в Холо прибыл английский военный корабль, на борту которого находился английский генеральный консул в Брунее Джеймс Брук, известный своей деятельностью по распространению английского влияния в Северном Калимантане. Он повел переговоры с султаном о подписании договора с англичанами. Обстановка в Сулу способствовала успеху его миссии. При дворе султана усилились позиции проанглийской группировки, отношения с испанцами ухудшились в результате захвата территории самалов, принадлежавшей султанату. Правители Сулу были встревожены событиями в соседней Индонезии, где в этот период голландцы вели войны за овладение еще не колонизованными территориями; они опасались голландской агрессии на Филиппины.
В итоге переговоров с Пулалуном Брук получил одобрение составленного им текста договора, который и был подписан в мае 1849 г. Английские подданные получили право свободного въезда и поселения в султанате, приобретения всех видов собственности; в коммерческой деятельности они получали привилегии наиболее благоприятствуемой нации. Откровенно антииспанский характер носила одна из статей договора, согласно которой султан обязывался не передавать никому территории, входящие в его владения, и не признавать суверенитета никакой другой державы без согласия английского правительства. Конфликт, приобретавший все более скандальный характер и грозивший серьезными международными осложнениями, рассматривался правительствами Испании и Англии, в результате чего в Лондоне отказались от ратификации договора.