Радикализации освободительного движения способствовал ряд факторов. Политика испанского правительства, отказавшегося удовлетворить даже самые умеренные требования филиппинских реформаторов, привела к кризису буржуазно-националистического движения, породила разочарование в либеральной реформаторской программе, создавая почву для возникновения активных форм антиколониального протеста. Движение за реформы 80-х годов, оказавшееся бесплодным в смысле его практических результатов, сыграло большую роль в идейной подготовке национальной революции. Особое значение имело литературное и публицистическое творчество Хосе Рисаля, отразившее самые насущные проблемы борьбы с расовой дискриминацией, социальным и политическим угнетением, клерикальной реакцией. Беспощадная критика колониализма, которой были проникнуты произведения Рисаля и которая выходила за рамки его собственных идеалов, воспринималась на Филиппинах как призыв к революционным действиям. Имя Рисаля, популярность которого еще более возросла после ссылки в Дапитан, стало символом борьбы за национальное освобождение, несмотря на отрицательное отношение самого Рисаля к вооруженной борьбе. Тесная связь с общественно-политическими идеалами буржуазно-националистического движения 80-х — начала 90-х годов прослеживалась в формирующейся революционной идеологии. Однако идеологи революционно-демократических сил пошли дальше своих предшественников, используя их теоретическое наследие для обоснования необходимости революции, сумели объединить просветительские и националистические идеи со стихийными революционными устремлениями народных масс.
В зарождении революционного движения большую роль играло масонство. На Филиппинах происходила быстрая демократизация масонского движения, расширение его социальной базы. В начале 90-х годов в нем определилось три основных направления. Одно объединяло представителей буржуазно-помещичьих кругов, придерживавшихся либерально-реформаторских взглядов. Другое было представлено мелкобуржуазной разночинной интеллигенцией, использовавшей масонские организации для пропаганды демократических, националистических и антиклерикальных идей. Это направление возглавлял Аполинарио Мабини, впоследствии видный революционный идеолог, в этот период, однако, еще сохранявший приверженность к буржуазно-либеральной программе реформаторов. К третьему, радикальному течению принадлежали многочисленные масонские организации, в которых преобладали народные элементы (крестьяне, ремесленники, городская беднота). По своему характеру они были близки к тайным обществам и крестьянским религиозным сектам — традиционным формам филиппинских народных движений. После основания Катипунана эти масонские организации влились в тайное революционное общество, были преобразованы в его отделения и секции.
Вся подготовка к восстанию и его проведение были осуществлены под руководством Катипунана, признанным вождем которого был Андрес Бонифасио (1863–1897) — «великий плебей», как его называют филиппинцы, выходец из манильской бедноты. Катипунан был народной организацией, апеллирующей к трудящимся массам и воплощающей их стихийные революционные устремления и чаяния. Руководители Катипунана, в первую очередь Андрес Бояифасио, пришли к пониманию того, что задачи национального освобождения и демократического развития общества не могли быть решены без активного участия в освободительной борьбе народных масс. В течение не- которого времени после создания Катипунана Бонифасио и его последователи, оставаясь членами Филиппинской лиги, пытались направить ее деятельность в русло революционной борьбы, однако натолкнулись на упорное сопротивление ее буржуазно-помещичьих лидеров. Напуганные очевидным назреванием революционного взрыва, руководители лиги в конце 1893 г. пошли на ее самороспуск. Часть радикально настроенных участников этой организации примкнули к Катипунану, а представители умеренно-либерального крыла образовали Хунту реформаторов, просуществовавшую до начала революции.
После ликвидации лиги Бонифасио приступил непосредственно к выработке планов вооруженного восстания. За годы, предшествующие революции, в освободительное движение, возглавленное Катипунаном, были вовлечены десятки тысяч филиппинцев. К 1894 г. отделения Катипунана действовали в большинстве городов и провинций Центрального и Южного Лусона. Ряды его росли в основном за счет крестьянства и мелкобуржуазной интеллигенции. К началу вооруженного восстания число сторонников Катипунана превышало 200 тыс.