Заимствуя образ у Платона, Бэкон разоблачает опасность для науки также идола пещеры, за которым стоят индивидуальные склонности и предпочтения человека, отражающие его уникальный жизненный опыт: очень часто человек склонен думать так или иначе в силу личных обстоятельств жизни, особенностей воспитания, сложившихся привычек, каких-то случайных личных привязанностей, не имеющих отношения к науке, или под влиянием вообще подвижности и переменчивости личного характера. «Человеческий разум не сухой свет, его окропляют воля и страсти, а это порождает в науке желательное каждому» (1: 2, 22). В отличие от идола рода идол пещеры проявляется в каждом человеке индивидуальным образом, и в этом состоит трудность борьбы с ним.
Принцип номинализма всегда настраивал сторонников эмпирической методологии на крайне критическое отношение к словам, поскольку в науке очень часто слова подменяют собой суть дела. В этой области главным противником является идол рынка или площади, утверждающий: «Это истинно, потому что так все говорят», — такая установка ведет к некритическому использованию обыденных представлений, включению в науку обыденного словоупотребления. Идолы рынка пользуются словами двух родов: во-первых, это имена несуществующих вещей, и с ними бороться достаточно легко (таковыми Бэкон считает слова: «судьба», «перводвигатель», «круги планет», «элемент огня»), а второй род — имена существующих вещей, но неясные, плохо определенные и необдуманно и необъективно отвлеченные от вещей. У таких слов различная степень пригодности для научного употребления: так, по Бэкону, понятия «мел» и «глина» хороши, а «земля» — нет из-за своей неопределенности. Сюда же относится критика Бэконом формальной логики и в первую очередь теории силлогизма, работающей со словами: при очевидной достоверности подобного доказательства здесь есть «та возможность ошибки, что силлогизм состоит из предложений, предложения из слов, а слова — это символы и знаки понятий. Поэтому, если понятия разума ... дурно и опрометчиво отвлечены от вещей, смутны и недостаточно определеныи очерчены... то все рушится» (1: 2, 71). Слова в любом случае есть не более чем «образы вещей» (1: 1, 105), и возникают они вследствие молчаливого договора между людьми, поэтому здесь велика возможность ошибки.
Следующее препятствие, которое сопровождает научное познание — это авторитет унаследованных от прошлого и признанных большинством теорий. Таков идол театра, как его называет Бэкон, поскольку философские теории или некритически принятые аксиомы и догмы создают свой вымышленный мир, подобно спектаклю на сцене, и таких представлений ученые способны разыгрывать очень много. Возражая философам рационалистического толка, которые предоставляют преимущество деятельности ума и ограничиваются немногими тривиальными опытами, Бэкон не одобряет и тех философов, которые замыкаются в круге тщательного изучения отдельных опытов и при этом игнорируют все остальное, и уж тем более он не согласен с теми, кто примешивает к философии богословие или предания древности.
Проделав критику методов познания, доставшихся науке в наследство от прошлых веков, в положительной части своего учения о познании Бэкон сосредоточился на двух главных задачах: во-первых дать развернутую программу развития научного познания путем классификации наук, и создать «новый органон», новую логику, ориентированную на работу разума не со словами, а с данными наблюдений и искусственно поставленными опытами.
Классификация наук,
по мысли Бэкона, должна содержать не только те науки, которые уже известны, но также и те, которые еще только предстоит создать. Наиболее правильным Бэкон считал делить науки в соответствии со способностями разумной души человека. Так память предоставляет нам возможность заниматься историей. История должна делиться на естественную историю природы и историю гражданскую. Первая должна исследовать проявления природы в трех направлениях: природу в ее естественном течении, различные отклонения от естественного хода природы и, наконец, природу, преобразованную человеческим воздействием. История гражданская, история людей, должна включать в себя помимо церковной и политической еще историю промышленности, литературы и искусства.Поэзия есть результат проявления человеческой фантазии как в словесных образах искусства, так и вообще в познании. Бэкон убежден, что образы древней мифологии, изложенные поэтическим языком, при соответствующем истолковании способны многое раскрыть и для современной науки. К подобным толкованиям Бэкон сам неоднократно прибегает в своих сочинениях.