Построение метафизики Декарт начинает с применения процедуры сомнения. «Человеку, исследующему истину, необходимо хоть один раз в жизниусомниться во всех вещах» (1: 1, 314). Он выделяет несколько оснований для подобного сомнения. Прежде всего он отмечает, что в детском возрасте люди усваивают суждения о вещах ранее, чем достигнут «полного обладания» разумом. Отсюда берут свое начало многообразные предрассудки и ложные мнения. Далее, можно усомниться в существовании чувственных вещей, поскольку нам хорошо известно, что чувства иногда нас обманывают (например, башни издалека кажутся круглыми, вблизи же часто оказываются квадратными и т. д.). Разумеется, было бы слишком неосмотрительно доверять тому, что хотя бы однажды ввело нас в заблуждение. Кроме того, во сне людям кажется, будто они воспринимают различные вещи, пробудившись же понимают, что таких предметов в действительности не существовало. Человеку, на этом основании испытывающему сомнение в чувственных вещах, вполне могло бы показаться, что «не даны никакие признаки, с помощью которых он мог бы достоверно отличить состояние сна от бодрствования» (1: 1, 315). Наконец, даже математические доказательства, всегда представляющиеся наиболее достоверным знанием, имеющимся у человека, также могут быть подвергнуты сомнению. Ведь существуют люди, которые ошибаются при решении проблем из области арифметики и геометрии. Еще более важно в этом случае то, что мы слышали о существовании всемогущего Бога. Вполне допустимо предположение, что Бог мог сотворить людей постоянно и во всем заблуждающимися. Правда, многие считают, что Бог — благое существо, и поэтому создание вечно ошибающихся людей вступило бы в противоречие с его благой природой. Но где гарантия, что Бог хотя бы иногда намеренно не заставляет людей ошибаться? Кроме того, даже если признать мудрого Бога источником истины, может оказаться, что существует иной, весьма могущественный и при этом «злокозненный гений», постоянно вводящий человека в заблуждение. Таковы причины, которые дают повод поставить приобретенные человеком знания под сомнение. Декарт подчеркивает, что это сомнение должно распространяться только на область теоретического познания, но не на сферу практического поведения человека. Процедура сомнения имеет ограниченное применение, ее назначение — способствовать отысканию научной истины. Сомнение важно не само по себе, оно вовсе не ведет к абсолютному скептицизму, его цель — «в том, чтобы достичь уверенности и, отбросив зыбучие наносы и пески, найти твердую почву» (1:1, 266).
Преодоление сомнения осуществляется Декартом с помощью указания на то обстоятельство, что было бы нелепостью считать несуществующим нечто мыслящее именно в то время, пока оно мыслит. Поэтому в основе человеческого познания лежит «первое и наиболее достоверное» положение: «Я мыслю, следовательно, я существую». Отсюда Декарт делает вывод о существовании души. Отсутствие всяких свойств характерно только для небытия; мышление — это свойство, и если уж оно существует (а это доказывается хотя бы испытываемыми сомнениями), то должен существовать и некоторый носитель этого свойства, определенная вещь, реальный онтологический объект. Этот носитель мышления — душа; человеческое Я есть «вещь мыслящая».
Мышление — не просто одна из характеристик души, оно — ее сущностное свойство: «Я есмь, я существую — это очевидно. Но сколь долго я существую? Столько, сколько я мыслю» (1: 2, 23). Душа мыслит постоянно, хотя не всегда это мышление отчетливо. Декарт довольно широко трактует мышление: «Под словом «мышление» я понимаю все то, что совершается в нас осознанно, поскольку мы это понимаем. Таким образом, не только понимать, хотеть, воображать, но также и чувствовать есть то же самое, что мыслить» (1: 1, 316). Он выделяет два основных модуса мышления: восприятие разума и действие воли. Остальные проявления мышления сводятся к этим двум: воображение, чувство, рассуждение — разновидности действия разума, а желание, сомнение, утверждение и отрицание — разновидности действия воли. (Таким образом, чувства и разум, противопоставляемые друг другу в рамках учения о методе, оказываются разными уровнями мыслительной деятельности. В «Первоначалах философии» оба этих уровня — «чувство» и «рассуждение» — охватываются широким обозначением «восприятие разума».)