Разводя Я и не-Я, Фихте в итоге выводит «независимую» бессознательную деятельность души, «продуктивное воображение», функция которого состоит в том, чтобы порождать противоположности Я и не-Я и в то же время не давать им поглотить друг друга. Обнаружение бессознательных функций субъекта приводит Фихте к выводу о необходимости различения нескольких уровней духовной жизни. Субъект обыденного опыта именуется им «эмпирическим», или конечным Я. Эмпирическому Я предметы его восприятия кажутся чем-то внешним и чуждым, т. е. представляются в качестве не-Я. На более глубоком уровне человеческого духа, о котором может знать только рефлектирующий философ, а именно на уровне Я как «интеллигенции», ситуация кардинально меняется. Интеллигентное Я, имеющее надындивидуальный характер, посредством бессознательного воображения само продуцирует индивидуальные эмпирические Я, а также эмпирическое не-Я, т. е. данный в созерцании мир явлений, противопоставляя их друг другу в едином сознании индивидов (именно об интеллигентном Я идет речь в начале третьего основоположения Фихте). Самосознание эмпирического Я возможно тольков форме рефлексии, подразумевающей отражение деятельности Я от некоего объекта. Однако, наталкиваясь на препятствие, эта деятельность неизбежно стремится преодолеть его.
«Практическое» Я характеризуется именно этим стремлением к расширению сферы эмпирического Я за счет приобретения все большей власти над не-Я, или природой. Фихте считает, что преодоление препятствий и победа над трудностями способствуют тому, что из первоначального смутного стремления души постепенно выковывается моральная воля. Идеалом же (в реальности, правда, не осуществимым) указанного расширения сферы Я является окончательное вытеснение не-Я, как бы растворение его в Я. В результате этого должно было бы получиться такое Я, которое не нуждалось бы в не-Я для самосознания, являлось бы бесконечным и не расколотым на сознательную и бессознательную деятельность — его Фихте называет «абсолютным Я». Абсолютное Я, или Бог, есть не более чем идея человеческого разума. В ранних сочинениях Фихте присоединяется к кантовской позиции, утверждая, что бытие Бога недоказуемо. Но поскольку он все же допускал возможность не только рефлективного, но и нерефлективного (божественного) самосознания, он должен был указать причину того, что человеческое самосознание устроено именно рефлективно.
Такой причиной оказывается, по Фихте, вещь в себе. Вещь в себе (которую нельзя смешивать с порождаемым интеллигентным Я не-Я как миром явлений) выступает в качестве «Перводвигателя» Я (см. 1: 1, 281 —283).
Впрочем, понятие вещи в себе почти неуловимо. Когда мы думаем о ней, мы мыслим уже не вещь в себе. Ясно лишь, что она производит какой-то «толчок» (Anstoss) на деятельность нашего Я, который играет роль пускового механизма для всей внутренней механики интеллигентного Я. Заявив эту позицию в «Основе общего наукоучения», позже Фихте существенно скорректировал ее. Он пришел к выводу, что понятие вещи в себе все же надо элиминировать, так как оно предполагает трансцендентное применение понятие причины, которое, как показал еще Кант, невозможно. Но устранение этого понятия затруднило объяснение Фихте рефлективности человеческого Я. Во «Втором введении в наукоучение» Фихте склонялся к тому, чтобы просто констатировать эту рефлективность как изначальный факт. Но такое объяснение не удовлетворяло самого Фихте, и в поздних сочинениях он заменил его новыми концептуальными схемами.
Существо новой позиции Фихте состояло в попытке совмещения функций вещи в себе из «Основы общего наукоучения» и идеи абсолютного Я, которую ранее он лишал объективной реальности. В поздних работах он говорит о существовании Абсолюта и о его образе — Знании, ранее именовавшемся им «Я как интеллигенция». Абсолют отождествляется Фихте с Бытием или Жизнью, а Знание оказывается «схемой» Бытия, его экзистенцией (Dasein). Иногда Фихте переходил на богословскую терминологию и, к примеру, отмечал согласие наукоучения с прологом Евангелия от Иоанна: «В начале было Слово, и Слово было у Бога, и Слово было Бог». Слово — синоним Знания, отображающего Бога и вместе с тем в определенном смысле тождественного ему. Вместе с тем согласие наукоучения с традиционными теистическими воззрениями всегда было достаточно условным. Классический «теистический» Бог мыслится по модели индивидуального креативного сознательного существа, тогда как у Фихте ни Абсолют (о котором известно лишь, что он абсолютен), ни порождающее конечные Я и природу интеллигентное Я, или, если использовать позднюю терминологию Фихте, безличное Знание, не соответствуют этим критериям.