Двигаясь как бы параллельно с физической наукой (части гегелевской философии природы составляют механика, физика и органическая физика), Гегель зачастую оказывается в чем-то выше или ниже уровня современной ему естественной науки. Так, он предпочитает теорию физических стихий, качественных элементов материи: земли, воды, воздуха и огня, уже существовавшему тогда химическому атомизму. В результате он спорит с утверждениями, что вода состоит из кислорода и водорода, а воздух из кислорода и азота. Он отвергает эволюционный подход к природе, преувеличивающий значение количественных изменений, по его мнению, и предпочитает представление о качественных скачках-метаморфозах природы, следуя в этом отношении натурфилософии Гете. Вместе с тем о развитии в природе говорится вполне определенно, правда, подчеркивается, что речь идет о «логическом» развитии понятия: «природа должна быть рассмотрена как система ступеней, каждая из которых необходимо вытекает из другой и является ближайшей истиной той, из которой она проистекала», — это «порождение в лоне внутренней идеи», а не природное, естественное порождение» (7: 2, 33). Говоря о развитии в природе, Гегель также утверждает, что природа не развивается во времени, а только в пространстве, т. е. различные этапы ее движения не замещают один другой, а накладываются друг на друга и сосуществуют.
Влияние Гете заставляет его спорить с ньютоновской теорией цвета и утверждать, что цвет возникает в результате синтеза «светлого» и «темного», а не белый цвет разлагается на цвета спектра. Опять же с Ньютоном он не может вполне согласиться и выступает против распространения ньютоновской механики на движение небесных тел, которые, по мысли Гегеля, хотя и имеют общее с другими телами в материи, но отличаются особым, «свободным движением» (7: 2, 91).
С другой стороны, гегелевская философия, подчеркивая качественное своеобразие ступеней природы, стремится исправить уклон в редукционизм со стороны естественных наук: сведение химических процессов к механическому движению атомов и процессов в живой природе — к химическим: «химическое присуще только мертвому, животные же процессы всегда снимают форму химического» (7: 2, 514). Он вполне оправданно осуждает действия естественных наук, которые в своем познании разрывают живой предмет природы на отдельные части, и утверждает, что соединить их воедино возможно лишь с помощью философского понятия, которое содержит в себе оба момента — всеобщее и особенное. Опять же философская установка Гегеля позволяет ему решительно порвать со многими заблуждениями науки того времени, вроде учения о теплороде, френологии или «столь восхваляемых открытий» разнообразных природных сил, приводящих к хаосу материй, который «невозможно не только мыслить в понятии, но и представить себе»(7: 2, 159).
Естественно, что именно гегелевская философия природы вызывала и вызывает до сих пор массу нареканий со стороны ученых и философов. Неудивительно, что на настоящий момент в отличие от других частей гегелевской системы философия природы вызывает наименьший интерес и практически забыта.
Философия духа.
Как переход от логической идеи в природу, так и возвращение из природы к духу совершается тогда, когда понятие пройдет полный круг своего развития и сможет взглянуть на себя со стороны. Если движение понятия в природу означало погружение идеи в чуждую ему стихию внешнего природного бытия, то по выходе из природы дух как бы вновь просыпается для своей естественной духовной жизни и приступает к осуществлению себя в свободном развитии как духа. «Как субстанцией материи является тяжесть, так ... субстанцией, сущностью духа является свобода» (1:8, 17). Конечная цель духа — достижение полноты своей свободы, что достигается им путем развития через формы субъективного, объективного и абсолютного духа.