Первый курс философии в Московском университете читал переведенный из Университета Академии наук ученик М. В. Ломоносова H. H. Поповский. Давая определение философии, Поповский сравнивает ее с храмом, «в котором вмещена вся Вселенная», в котором все, что есть в земле, на земле и под землею, как в театре изображается. Курс Поповского читался по-русски, однако уже в следующем году курс философии был передан приглашенному из Штутгарта профессору И. Г. Фромману, продолжившему чтение курса философии на латинском языке вплоть до 1765 г. Вернувшись в Германию, Фромман получил кафедру философии в Тюбингене, где защитил докторскую диссертацию «Краткое начертание состояния наук и искусств в Российской империи», посвятив в ней три страницы описанию преподавания философии в Москве. Первым профессором из числа бывших студентов Московского университета был Д. С. Аничков, едва не претерпевший гонения в начале своей преподавательской карьеры. Его докторская диссертация «Рассуждение из натуральной богословии о начале и происшествии натурального богопочитания», содержавшая в себе критику языческих суеверий, едва не спровоцировала осуждениеСв. Синода. Начиная с 1767 г. лекции в университете по указанию Екатерины II читались на русском языке. К философским дисциплинам относились в то время метафизика, физика, или естественная философия, логика и нравоучительная философия, или этика. В основу университетских курсов были положены трактаты Ф. X. Баумейстера и И. Г. Винклера, основанные на философии X. Вольфа. Недолгое время в Московском университете преподавал выходец из Трансильвании И. Г. Шварц, член масонской ложи «Гармония», с которым связана бурная издательская деятельность, которую развернули масоны в Московском университете. Н. И. Новиков арендовал в 1779 г. Московскую университетскую типографию, где им совместно с И. В. Лопухиным и другими масонами был издан 891 том, треть всей изданной за это время в России литературы. Среди новиковских изданий переводы европейской мистической и герметической литературы — Л. К. Сен-Мартен, В. Вейгель, И. Г. Гихтель, Дж. Пордедж (труды последнего, никогда более в России не переиздаваясь, оказали немалое влияние на русских софиологов Павла Флоренского и Сергия Булгакова), Ареопагитики, творения Отцов Церкви — Макария Египетского, Григория Паламы, католическая и протестантская литература мистического и пиетистского характера. Ни одна книга Я. Бёме, практически полностью переведенного С. И. Гамалеей, не была выпущена Новиковым, скорее всего ввиду того, что труды Бёме имели для масонских лож того времени значение «тайного знания». Переводы С. И. Гамалеи остались рукописными, первое книжное издание перевода сочинения Бёме относится к 1817 г.
Немалое значение для пропаганды философии имели издаваемые Н. И. Новиковым журналы «Утренний свет» (1997— 1780), «Московское издание» (1781), «Вечерняя заря» (1782—1783) (большую роль в издании играл И. Г. Шварц), «Прибавление к Московским ведомостям» (1783— 1784), «Покоящийся трудолюбец» (1784— 1785). Эти журналы имели в основном антипросветительскую направленность, полемизировали с философией сенсуализма, вольтерьянством. Однако следует заметить, что постепенно доля мистицизма в журналах уменьшается, а терпимость и даже признание относительной правоты просветительской философии берет верх.