Герцен прошел хорошую философскую школу, будучи в молодости некоторое время гегельянцем, сторонником учений Фейербаха, Сен-Симона и Конта. Как философ, впрочем, не создавший стройной философской системы, он стремился не к законченности логических построений, а по преимуществу к поиску практического значения философии. Так, философию Гегеля он понял как "алгебру революции". В его философских сочинениях, пронизанных атеизмом, почти неизменно выражается враждебное отношение к христианству, основанное не на истинном духе учения, а главным образом на церковных злоупотреблениях. В работе "Дилетантизм в науке" (1842-1843) он противопоставил идее славянофилов о необходимости подчинить философию религии мысль о соединении философии с естествознанием. Исследуя идею связи философии с жизнью, он пришел к пониманию философии как науки о всеобщих законах бытия, имеющих объективное значение. Герцен показал, что народ всегда был поглощен добыванием материальных средств существования, поэтому наука стала достоянием немногих. Только преодолением разрыва между "кастой" ученых и народными массами можно снять противостояние "духа" и "материи".
В "Письмах об изучении природы" (1845-1846) Герцен развивал мысли о союзе философии и естествознания, о необходимости овладения натуралистами методом диалектики. Диалектический метод ценен для него тем, что, во-первых, соответствует вечному движению природных и общественных процессов (Беспрерывное движение понимается им как "деятельная борьба" и "беспрерывное взаимодействие, из которого они выйти не могут"), а во-вторых, рассматривает предметы в их целостности, в единстве всех их противоположных определений, переходящих друг в друга. Признавая идею развития природы, ее первичность по отношению к мысли, Герцен не соглашался с гегелевским взглядом на природу как на "прикладную логику".
Он настаивал на том, что несотворимая и неуничтожимая материя вовсе не "немое, недеятельное, страдательное наполнение пространства, но обладает внутренней активностью". Сознание выступает как "цель", к которой стремится природа в своем развитии, оно - "разумение природы о себе". Отвергая всяческие формы агностицизма, Герцен признавал, что чувственное познание, ощущение есть "действительно непосредственная связь сознания с внешним миром", и провозглашал необходимость единства опыта и умозрения. Герцену ясно, что "правильно развиваясь, эмпирия непременно должна перейти в спекуляцию", апеллируя при этом к присущим человеческому сознанию свойствам. Использование диалектики для преобразования общественной жизни давало философскому радикализму Герцена возможность оправдать и обосновать борьбу прогрессивных сил в истории против реакции.
В 1847 году Герцен навсегда покинул Россию, жил и работал во Франции, Швейцарии, Италии, Англии, но до конца своих дней думал о преобразованиях, которые привели бы родину на путь свободы и процветания. Главными чувствами, объединяющими русских людей того времени, были отвращение к официальной России, к бюрократическому абсолютизму, к крепостному праву, к полицейским стеснениям. Вся обстановка николаевского режима каждому порядочному русскому человеку с исстрадавшейся душой позволяла смотреть на Запад с позиций религиозной веры: "мы верим в Европу, как христиане верят в рай". Задыхающемуся человеку нет ничего дороже воздуха свободы, и естественно, что о знании действительного Запада, каков он есть, не может быть и речи: "Мы являемся в Европу со своим собственным идеалом и с верой в него. Мы знаем Европу книжно, литературно, по ее праздничной одежде, по очищенным, перегнанным отвлеченностям, по всплывшим и отстоявшимся мыслям, по вопросам, занимающим верхний слой жизни, по исключительным событиям, в которых она не похожа на себя".
Как всякий русский человек, Герцен вырвался за границу "опьяненным", когда "сердце настежь, язык развязан". Ему, знающему западный мир заочно, поначалу все казалось хорошо, потом мало-помалу он начал что-то не узнавать, на что-то сердиться, ему стало не доставать русских просторов и воздуха, и со стыдом пряча от себя это открытие, он пережил разочарование в Западе. В сочинениях "Письма из Франции и Италии", "С того берега" и "Концы и начала" Герцен, которому весь Запад представляется "мертвыми костями", из одной крайности бросается в другую. Он разочарован людьми, а не событиями, всем западным обществом, а не только сословием предпринимателей. Его мучают вопросы нравственной философии: "Не проще ли понять, что человек живет не для совершения судеб, не для воплощения идеи, не для прогресса, а единственно, потому что родился для ... настоящего".