В томистской доктрине, как и в предшествующей схоластике, Бог отождествляется с Бытием, но понятие бытия при этом переосмысляется. Глубочайшим смыслом слова “бытие” становится акт, на который указывается глаголом “быть”. Акт бытия, благодаря которому все вещи получают существование, т.е. становятся вещами, о которых можно сказать, что они есть, составляет сущность Бога. В Боге нет никакой сущности, отличной от акта бытия, никакого “что”, которому может быть приписано существование. Его собственное бытие и есть то, что Бог есть. Такое бытие непостижимо для человеческого разума. Можно привести доводы, убеждающие, что Бог есть, но мы не можем знать, что он есть, поскольку в нем не существует никакого “что”. Человеку доступно лишь знание сотворенных вещей, являющихся не простыми, а составными, составленными из сущности и существования: в них есть то, что получает бытие (сущность) и самое бытие, сообщаемое им Богом. Бытие, свойственное вещам, есть не просто бытие, а бытие чего-либо, некоторой сущности. Вещь не только есть, она есть “то-то и то-то”, обладает определенностью, выражаемой ее существенными признаками. Глагол “есть” применительно к вещи указывает на конечное, ограниченное определенной формой бытие. В противоположность вещам бытие Бога бесконечно; не будучи ограничено каким-либо определением, оно находится за пределами любого возможного представления и невыразимо.
Так как человек не имеет адекватного представления о Божественной сущности, то невозможно прямое доказательство существования Бога, которое опиралось бы на анализ содержащегося в человеческом уме понятия о нем. Но возможны косвенные доказательства, исходящие из рассмотрения творений. Фома Аквинский формулирует пять таких доказательств. Общий ход рассуждения в них таков. Наличие вещей и таких присущих им свойств, как движение, относительное совершенство и т.п., предполагает, что есть причины, обусловливающие существование как вещей, так и их свойств. Ряд причин, порождающих вещи и их свойства, должен быть конечным, иначе вещь никогда не была бы произведена. Следовательно, должна существовать первая Причина, которая и есть Бог.
Сотворенные имматериальные (бестелесные) субстанции, каковы ангелы, а также интеллект, т.е. разумная часть человеческой души, являются составными из-за различия между их сущностью и существованием; материальные субстанции характеризуются двойной составленностью: из материи и формы, а также сущности и существования. В человеке имматериальная субстанция (разумная душа) выполняет одновременно функцию формы по отношению к телу. Форма (душа) сообщает существование телу (одушевляет его), получив его от акта бытия. Каждое существо или вещь имеет одну субстанциальную форму, определяющую родо-видовые характеристики вещи, ее “чтойность”. Индивидуальное различие тождественных по виду вещей обусловлено материей, выступающей в качестве индивидуализирующего начала (принципа индивидуации).
Введение понятия акта бытия, отличного от формы, позволило Фоме отказаться от допущения множественности субстанциальных форм у одной и той же вещи. Его предшественники и современники, в том числе Бонавентура, не могли воспользоваться учением Аристотеля о существовании единственной субстанциальной формы у каждой вещи (из которого вытекало утверждение о душе как субстанциальной форме тела), поскольку тогда со смертью тела должна была бы исчезнуть и душа, ибо форма не может существовать без целого, чьей формой она является. Чтобы избежать нежелательного вывода, они были вынуждены допустить, что душа наряду с телом есть субстанция, состоящая из своей формы и своей (духовной) материи, которая продолжает существовать после исчезновения тела. Но тогда человек, или любая вещь, поскольку в ней сосуществуют многие формы, оказывается не одной субстанцией, а состоит из нескольких (материальных) субстанций. Допущение акта бытия как акта, создающего не только вещь, но и форму, позволяет решить эту проблему. После смерти тела разумная душа остается субстанцией, но не материальной, состоящей из формы и духовной материи, а имматериальной, состоящей из сущности и существования, и не прекращает, следовательно, своего существования. Единственность же субстанциальной формы у человека, как и у любой другой субстанции, объясняет присущее каждой из них единство.
Возражая Сигеру Брабантскому, утверждавшему, что разумная часть души является безличной субстанцией, общей для всех людей, Фома настаивает на существовании у каждого человека отдельной, личной души.