Большая часть жителей спаслась бегством. Женщин и все драгоценности отправили на остров Тарога, а мужчины, рассеявшись около города, все еще составляли число, опасное для флибустьеров, ослабленных битвами и не могших ждать ниоткуда подкрепления. Это заставляло их быть осторожными, и большая часть расположилась вне города.
Наконец Морган совершил дело жестокое, непонятное и не довольно поясненное современными описателями этих ужасов, которым преднамеренно лишил себя и свой отряд огромнейших богатств. Хотя самое драгоценное было увезено жителями, однако же все лавки, магазины и кладовые оставались наполненными товарами всех родов. Кроме множества изготовленных мануфактурных и фабричных произведений и бесчисленных предметов роскоши и промышленности, здесь находились огромные запасы муки, вина, оливкового масла и благовоний, большие магазины с железом. За сто фунтов железа платили тогда 32 пиастра.
Эти товары не имели, правда, ценности в глазах Моргана, потому что он не мог их взять с собой, но сохранение их могло доставить выкуп. Впрочем, последнее было еще только предположение, а негодность их для флибустьеров дело решенное. Разорение нескольких тысяч семейств ничего не значило для Моргана. Поэтому можно сказать, что главной побудительной причиной было бешеное своеволие, совершенно согласное с его жестоким характером. Не сообщив никому своего намерения, он приказал зажечь Панаму в разных местах, и в несколько часов весь великолепный город был объят пламенем.
Испанцы, оставшиеся в городе, вместе с флибустьерами, не знавшими причины пожара, соединенными силами старались погасить огонь, таскали воду и срывали дома, чтобы остановить пламя, но все было тщетно: дул сильный ветер и большая часть домов были деревянные. Прекраснейшие дома с их драгоценностями, между ними великолепная биржа генуэзцев, церкви, монастыри, городская ратуша, лавки, госпитали и богоугодные заведения, магазины с бесчисленными кулями муки и двести кладовых, наполненных товарами, превратились в пепел. Той же участи подверглось множество животных: лошадей, мулов и проч. и много невольников, которые спрятались от флибустьеров в подвалах и на чердаках, теперь были изжарены живьем. Только немногие дома спаслись от огня, который тлел четыре недели. Пираты снова бросились грабить развалины — и довольно успешно. Морган тщательно скрывал свое участие в этом деле и обвинял в нем испанцев. На другое утро на месте цветущего города была куча золы, уцелел только уголок его, самый бедный, в котором жили погонщики мулов, два монастыря и дворец обер-президента, стоявший отдельно.
После пожара флибустьеры собрались в один отряд и окопались в развалинах церкви. Морган отправил сильный отряд в Чагер для извещения оставшихся там флибустьеров о победе и для узнания о их положении. Вместе с тем отправил два отряда, каждый в 150 человек, в окрестности города для отыскания бежавших жителей и корабль для поисков в Южном океане. Корабль вернулся через два дня с тремя взятыми судами, но также с весьма неприятным известием, что упустил большой галион, нагруженный спасенными из Панамы церковными сокровищами и множеством серебра, золота и другими драгоценностями, принадлежавшими казне и богатейшим купцам. Далее, на нем находились жены богатейших жителей со всеми их украшениями, словом, с отборнейшими богатствами города. Галион этот не имел балласта, который заменяли ему золотые и серебряные слитки. На том же судне были все монахи из Панамы. Оно было вооружено только 6-ю пушками, имело незначительный экипаж и шло весьма беспечно, потому что испанцы не воображали, чтобы флибустьеры пустились в море. Казалось, что эта добыча никак не уйдет от пиратов, галион виднелся весь вечер и начальник разбойничьего судна, Шарп, считал его уже как бы взятым и хотел только дождаться утра. На ночную же экспедицию нельзя было пуститься, потому что экипаж, запасшийся на маленьких островах близ Панамы вином и женщинами, был не в состоянии действовать против неприятеля. На утро же галион исчез из вида. Отрезвившимся флибустьерам оставалось одно сожаление, что они от собственной оплошности и легкомыслия лишились огромной добычи. Но Морган никак не хотел оставить мысли о поимке этого галиона, тем более, что, по собранным сведениям, судно это терпело недостаток в воде и съестных припасах, даже в снастях и парусах. Предполагая, что оно укрылось в каком-нибудь заливе около Панамы, он послал четыре корабля для розысков, но и они, прокрейсировав неделю, возвратились без добычи и потеряв всякую надежду когда-либо отыскать ее.