Короли, майордомы и придворные дарили обителям земли и угодья. Монастыри сосредотачивали в своих руках крупные владения, в них скапливалась драгоценная церковная утварь. В окружении Дагоберта следует особо отметить двух его сподвижников, содействовавших развитию монастырей. Св. Элуа был превосходным ювелиром, украсившим и знаки королевской власти (инсигнии), и реликвии монастыря Сен-Дени — святыни, наиболее почитаемой Дагобертом. Ирландец св. Уэн сыграл большую роль в укреплении франкских монастырей и в возрождении в них бенедиктинского устава во всей его строгости. Вообще ирландские монахи удивляли современников своим аскетизмом и ученостью. В конце VI в. в Галлию прибыла большая группа ирландских затворников во главе со св. Колумбаном, основавшим ряд новых обителей в восточных областях королевства, а также ужесточившим монастырский устав. Ирландские монахи требовали распространения на светское духовенство монашеского обета безбрачия — целибата (в ту пору священники и епископы еще могли иметь свои семьи). Именно их усилиями в середине VIII в. измененный бенедиктинский устав был законодательно утвержден как обязательный для всех монастырей Франкского королевства.
Несмотря на ставший традиционным союз франкских королей и церкви, отношения между ними порой омрачались. Так, проводимая Карлом Мартеллом конфискация церковных земель не могла не вызывать недовольства епископов и монахов, но Карлу Мартеллу удалось мотивировать свои действия нуждами священной войны против неверных. Он старался делать так, чтобы епископами и аббатами становились преданные ему люди. Карл Мартелл покровительствовал деятельности Бонифация, миссионера англосаксонского происхождения, сумевшего обратить в христианство большинство германских племен и основать, вопреки сопротивлению галльского духовенства, Майнцскую церковную провинцию. Впервые епископство появилось на правом берегу Рейна, и, таким образом, церковь начала укрепляться на землях, ранее неподвластных Римской империи. Своим успехам англосаксонские миссионеры были обязаны поддержке со стороны Карла Мартелла, стремившегося усилить франкское влияние в Германии и в случае необходимости готового подкрепить увещевания монахов мощью франкской конницы. Позже опыт Бонифация и его авторитет понадобились для реформы всей галльской церкви, чтобы подчинить ее более строгому контролю со стороны папы и более решительно бороться со следами язычества.
Надо отметить, что в ту пору еще не существовало всевластия папы в Западной церкви, столь характерного для более поздней эпохи. Папа был лишь одним из наиболее почитаемых церковных владык (наряду с патриархами Константинополя, Антиохии, Александрии и Иерусалима). Реальная власть в церковных делах Франкского королевства — назначение епископов и распределение церковных доходов — в значительной мере принадлежала королям, а не папе, которому оставалось лишь формально одобрять королевскую волю. К тому же в Риме папа находился под постоянной угрозой со стороны враждебных ему лангобардских герцогов, а отношения папы с Византией все более ухудшались, и помощи от императора ждать не приходилось. Поэтому помощь со стороны Карла Мартелла и его сына Пипина Короткого была для папы очень важной. Пипи-ну удалось разгромить лангобардов и передать под власть папы отвоеванные у них земли в Средней Италии (746), где было основано своеобразное церковное государство — Папская область, так называемый патримоний св. Петра (апостол Петр был первым римским епископом, и все папы считались его прямыми наследниками). Франкские короли брали на себя обязательства обеспечить этим землям военную защиту. С тех пор папы не нуждались более в помощи византийского императора: их главной опорой становился правитель Франкского королевства.
Несмотря на заслуги самого Карла Мартелла перед церковью и успехи его сына в борьбе с неверными (Пипину удалось очистить от них юг Галлии и взять Нарбонну — цитадель сарацин), последний несколько раз приносил покаяние за ущерб, нанесенный его отцом церковному имуществу в ходе военной реформы. При Пипине церковь вновь получила богатые пожалования. Первый король новой династии старался продолжить реформирование церкви, укрепляя в ней дисциплину. В конце жизни Пи-пин выбрал местом своего упокоения базилику Сен-Дени, продолжив таким образом традицию меровингских королей.