Часть прогрессистов, обеспокоенных угрозой государственного переворота, исходившей от националистического движения, также примкнули к дрейфусарам. В июне 1899 г. президент республики Эмиль Лубе назначил главой правительства прогрессиста Рене Вальдек-Руссо. В состав кабинета вошли представители всех основных политических сил, выступавших в защиту законности и порядка. Особенно примечательно было присутствие в нем социалиста Александра Мильерана, занявшего пост министра торговли и промышленности. Правительство приняло решительные меры против националистов, добившись ареста и препровождения в суд их вождей. Однако летом 1899 г. военный трибунал в ходе нового слушания снова вынес капитану Дрейфусу обвинительный приговор. Правительству не оставалось ничего другого, как прибегнуть к процедуре помилования. Лишь в 1906 г. кассационный суд полностью реабилитировал Дрейфуса.
Перегруппировка сил на политической арене
Дело Дрейфуса послужило катализатором серьезных перемен в политической жизни. Прежде всего в результате вызванного им политического кризиса были уничтожены плоды многолетних усилий политиков консервативного и либерального толка, начиная с Тьера, по созданию устойчивого политического «центра». На рубеже столетий едва ли не все взрослое население Франции разделилось на дрейфусаров и антидрейфусаров. Традиционное противостояние левых и правых вновь приобрело классически ясные очертания.
Однако по сравнению с 70—80-ми гг. XIX в. характер этого противостояния существенно изменился. Раньше правых и левых разделяли главным образом противоречия по вопросу о форме правления. Теперь они расходились во взглядах не столько на форму правления, сколько на политические цели и ценности самой республики. В результате перегруппировки политических сил во Франции, произошедшей под влиянием дела Дрейфуса, как левые, так и правые поменяли свое обличье. Быть левым отныне значило сохранять приверженность республиканским и демократическим учреждениям, утверждать идеалы светскости в общественной жизни, а также бороться против национализма и военщины как ударной силы реакции. Напротив, правых стали отличать прежде всего национализм, преклонение перед армией и военной силой, стремление к авторитарному правлению.
Хотя между теми и другими сложился своего рода консенсус относительно признания фактически существующей формы правления, а лозунг монархической реставрации уже не встречал живого отклика у правых, левые упорно продолжали именовать себя республиканцами. Фактически это было способом защитить свою монополию на республиканскую легитимность, единственно дающую право на власть в Третьей республике.
На рубеже столетий во Франции впервые возникла система организованных политических партий. Они сочетали парламентские методы деятельности с внепарламентскими, располагали сетью местных комитетов, не терявших связь с избирателями между выборами, и контролировали свои парламентские фракции. Способствовал этому закон об ассоциациях, принятый по предложению кабинета Вальдек-Руссо 1 июля 1901 г. Он предоставлял широкую свободу деятельности различным объединениям граждан, включая политические. Закон предусматривал заявительный порядок регистрации этих ассоциаций.
В преддверии парламентских выборов 1902 г., которые, по мнению современников, должны были стать решающей пробой сил между дрейфусарами и антидрейфусарами, почти одновременно начали легальное существование несколько партий, представлявших главным образом левую часть спектра французской политики.
Пример подали социалисты, которые и раньше были организованы значительно лучше других политических сил. В 1899 г. они предприняли попытку провести объединительный съезд своих многочисленных организаций. Однако разногласия между сторонниками революционной тактики и реформистами обрекли его на провал. Разные позиции заняли те и другие по отношению к делу Дрейфуса. Споры среди социалистов вызвал приход в кабинет Вальдек-Руссо «независимого социалиста» Мильерана. В итоге в 1901 г. возникли две новые социалистические партии. Реформисты и сторонники участия в правительстве образовали Французскую социалистическую партию. Сторонники революционной тактики и «антиминистериалисты» объединились в рядах Социалистической партии Франции. Отставка кабинета Вальдек-Руссо и уход Мильерана из правительства в 1902 г. позволили французским социалистам преодолеть раскол. В 1905 г. была образована Объединенная социалистическая партия (Французская секция рабочего Интернационала— СФИО). Ведущую роль в ней играло реформистское течение, а самым популярным и авторитетным лидером стал Жорес.