Срочно был созван Королевский совет. По-видимому, короля удалось убедить в том, что для сохранения мира в стране следует провести превентивную акцию — устранить гугенотских вождей. В ночь на 24 августа (день св. Варфоломея) к дому, где находился Колиньи, явились люди Генриха Гиза, к которым примкнула стража, выставленная королем (ею командовал капитан из клиентелы Гизов). Адмирал был убит, а тело его выброшено в окно. Ударил набат. Отряды герцога Гиза и герцога Анжуйского врывались в дома, где разместились знатные гугеноты, и расправлялись с ними. Гугенотов убивали и в самом Лувре. Однако жизнь Генриху Наваррскому и его кузену принцу Конде-младшему сохранили, заставив перейти в католичество. Гугенотам, размещенным в предместье Сен-Жермен-де-Пре, также удалось спастись. В погромах приняла участие и городская милиция. Резня продолжалась еще неделю, перекинувшись в провинциальные города — Бордо, Тулузу, Орлеан, Лион. В одном только Париже погибло около 2 тыс. человек — гугенотская знать, парижане, подозреваемые в кальвинизме, и члены их семей.
Реакция короля была противоречивой. Утром 24 августа он отдал приказ о немедленном прекращении беспорядков. Однако Карл IX утверждал, что все свершилось по его воле и что он покарал мятежников. При этом король не аннулировал Сен-Жерменский мир, а, напротив, подтвердил его статьи о религиозной свободе, отменив лишь право гугенотов иметь собственные крепости.
Гугеноты быстро оправились от шока после Варфоломеевской ночи и уже в 1573 г. создали собственное политическое объединение — «Соединенные провинции юга». Раньше они надеялись подчинить себе короля и навязать свою веру королевству, теперь же практически создали независимое государство и отказывались признавать власть короля-тирана.
В том же 1573 году королевская армия осадила гугенотскую Ла-Рошель, однако командующий армией брат короля герцог Генрих Анжуйский вскоре заключил с гугенотами мир. Он поспешил закончить войну, поскольку получил известие о своем избрании на польский престол.
В 1576 г. младший брат короля герцог Алансонский подписал с гугенотами еще один мирный договор. Протестантам были переданы 12 крепостей, дарована свобода вероисповедания повсюду, кроме Парижа. Признавалось и политическое объединение гугенотов. Кроме того, правительство оценило события Варфоломеевской ночи как преступление и возвращало конфискованное у гугенотов имущество. Возмущенные условиями мира католики создали свою организацию — Католическую лигу. Ее участники были связаны между собой взаимной присягой. Во главе лиги встали католические принцы, в первую очередь Генрих Гиз, а также жители «добрых городов».
Узнав в 1574 г. о смерти своего брата Карла IX, Генрих Валуа тайно покинул Польшу. В 1575 г. он был коронован в Реймсе и воцарился на французском престоле под именем Генриха III (1574-1589).
Новый король оказался в трудном положении. Гугеноты, по существу, создали на юге Франции свое государство. Младший брат Генриха III герцог Алансонский заключил с ними мир (1576) не без выгоды для себя. Согласно его условиям, он получил Анжу (и с тех пор именовался герцогом Анжуйским), Турень и Берри. Король Наварры Генрих Наваррский получил Гиень, а принц Конде — Пикардию. Гизам достались пять областей. Католическая лига потребовала «возвращения французским провинциям тех прав, преимуществ и старинных вольностей, какими они пользовались при короле Хлодвиге». Таким образом, и католики, и гугеноты, и «политики» (королевская придворная партия, поддерживаемая парижским и провинциальным чиновничеством) выдвигали весьма схожие антиабсолютистские программы.
В этих условиях король избрал удачную тактику нейтрализации лиги. Он объявил себя ее главой и даже начал новую войну с гугенотами, во главе которых теперь стояли Генрих Наваррский и принц Конде, бежавшие из Парижа и вернувшиеся в лоно кальвинизма. Но очень скоро, 17 сентября 1577 г., был заключен мир, по сути, повторявший условия предыдущего. Однако ведение войны за веру позволило Генриху III распустить Католическую лигу.
Высшей ценностью для Генриха III была идея величия короля. Характерно, что именно при нем утверждается обращение к монарху «ваше величество» (Votre Majesté). В условиях раскола, царящего среди французского дворянства, король надеялся сплотить его при помощи нового церемониала, введенного при дворе и поражавшего своей строгостью и неукоснительностью соблюдения. Двор был своеобразным театром, где королю отводилась главная роль, он являлся придворным в блеске своей славы. Изысканность поведения и утонченная вежливость сочетались с нарочитой роскошью. Изящные манеры (именно Генрих III ввел пользование вилкой и носовым платком) были призваны смягчить нравы французского дворянства.