Окрыленные результатами выборов, противники республики усилили свое наступление. Закон 3 брюмера IV года был отменен. Все амнистированные «террористы» лишались права занимать общественные должности. Законодательство 1792–1793 гг. против «неприсягнувших священников» было приостановлено. Началось их массовое возвращение из эмиграции — к лету 1797 г. в страну вернулось около 12 тыс. ранее изгнанных священников. Началось также возвращение эмигрантов-дворян. Против приобретателей национальных имуществ начался форменный террор. На их полях устраивались потравы, поджигался урожаи; вернувшиеся священники подвергали их проклятиям, лишали права на церковные обряды «до возвращения имуществ».
Столкновение между Директорией и большинством в советах пятисот и старейшин становилось неизбежным. Его задерживали только разногласия среди самих монархистов, между крайне правым их крылом, отстаивавшим восстановление старой неограниченной монархии (на их стороне были и сами принцы-претенденты), и конституционалистами. Тем не менее подготовка к выступлению против Директории шла достаточно интенсивно. На место выбывшего — в порядке ежегодного обновления, по жребию — Летурнера избран был явный монархист Бартелеми. Советы рассчитывали также на поддержку Карно, вдохновителя разгрома бабувистов. Предполагалось вынести Директории вотум недоверия и обновить весь ее состав.
Большинство Директории, «триумвират» (Ларевельер-Лепо, Рёбель, Баррас), встревоженное этими приготовлениями, готовилось дать отпор. Но оно боялось искать поддержки демократических элементов. В этих условиях оставалось только опереться на армию.
Несмотря на запрещение вводить в Париж войска без разрешения законодательных органов, Директория договорилась с одним из популярнейших республиканских генералов, Лазаром Гошем, командовавшим рейнской армией, о переброске войск к столице. Одновременно Директория получила поддержку Бонапарта, на которого яростно нападали в советах пятисот и старейшин за условия, на которых был заключен Кампоформийский договор. Бонапарт прислал в столицу одного из своих генералов, Ожеро, назначенного командующим парижским гарнизоном. Бонапарт добыл для Директории важный документ (захваченный им у французского эмигранта графа д’Антрега, арестованного в Венеции), уличавший Пишегрю в связи с контрреволюционной эмиграцией.
Оппозиция собиралась перейти к решительным действиям, но «триумвират» ее опередил. В ночь на 18 фруктидора V года (4 сентября 1797 г.) был произведен переворот. По улицам были расклеены афиши, в которых приводился «документ д’Антрега» как доказательство предательства Пишегрю, председателя Совета пятисот, и его единомышленников, связанных с «англо-эмигрантским заговором». Под руководством Ожеро были произведены аресты лидеров советов пятисот и старейшин, которые подлежали высылке на каторгу вместе с двумя членами Директории, Бартелеми и Карно. Карно удалось скрыться, а арестованный Пишегрю бежал в пути. 177 депутатов были лишены полномочий. Среди высланных и отстраненных депутатов были видные деятели — Буасси д’Англа, Порталис, Дефермон, Дюмолар, Бурдон из Уазы, Пасторе, Саладен, Симеон, Воблан, Барбе-Марбуа, Матье Дюма и др. — некоторые из них сыграли значительную роль в наполеоновскую эпоху. Все эти мероприятия были санкционированы оставшимися членами обоих советов. В состав Директории взамен Карно и Бартелеми введены были бывший якобинец Мерлен (из Дуэ) и Франсуа Невшато. Был обновлен весь состав министров — министром иностранных дел был назначен Талейран, бывший епископ Отенский, один из лидеров Учредительного собрания, находившийся в годы якобинской диктатуры в Соединенных Штатах, умный и расчетливый человек, ставший воплощением беспринципности, угодничества и продажности.
Переворот 18 фруктидора отодвинул на время монархическую угрозу. Закрыты были 42 газеты, враждебные Директории. Вновь введено было в действие законодательство против контрреволюционного духовенства. Эмигрантам, вернувшимся самовольно, предложено было в двухнедельный срок покинуть Францию. Даже Сиейес, при всей умеренности его взглядов, выступил с предложением об изгнании всех лиц, занимавших какие-либо посты при старом порядке.
Но переворот, представлявший собой грубое нарушение конституции, впервые превративший армию в активную и отчасти даже решающую силу в политической жизни, не укрепил надолго Директорию. В ней и кругах, ее поддерживавших, видели представителей все той же группы термидорианцев, упорно цеплявшихся за власть, не гнушавшихся никакими средствами. Моральный авторитет Директории продолжал падать. Этому особенно содействовала ее тесная связь и зависимость от новой, хищнической буржуазии.