Прусский король тайно обрадовался созданию Рейнского союза и упразднению Священной Римской империи. Возможно, он тешил себя надеждой самому возглавить конфедерацию германских государств; может быть, даже Наполеон и посулил ему такую возможность, чтобы заручиться его нейтралитетом. Но реализовать ее не входило в планы императора. Ведь он уже давно задумал посадить на немецкие троны членов своей семьи. Его брат Жером женился на принцессе Екатерине Вюртембергской; его пасынок Евгений (Эжен) Богарне стал зятем баварского короля.
Оставалась неуступчивая Англия. Чтобы утихомирить ее, Наполеон подарил ей Ганновер, который до того уже отдал Пруссии. Та направила императору ультиматум. Его же это только обрадовало, поскольку давало повод окончательно раздавить Пруссию. В 1806 году он разбил пруссаков в битве при Йене, в то время как маршал Даву разгромил их под Ауэрштедтом. Наполеон вошел в Потсдам, потом из Берлина объявил о начале континентальной блокады. С помощью континентальных держав он намеревался разорить Англию. Однако, чтобы окончательно подорвать ее торговлю, требовалось согласие России, которого та не давала.
Наконец, после кровавой битвы при Эйлау и победы при Фридланде, Наполеон встретился в Тильзите с русским царем. Молодой, восторженный Александр I был, казалось, очарован умом и красотой своего собеседника. В Тильзите Пруссия потеряла свои польские провинции, отошедшие Великому герцогству Варшавскому – бледному подобию прежней Польши, а также провинций к западу от Эльбы, образовавших королевство Вестфалия с Жеромом Бонапартом на троне; курфюрст Саксонский стал королем Саксонии и был пожалован Великим герцогством Варшавским.
Отныне император французов становился, похоже, полным хозяином Германии. Новая «каролингская» империя имела в своем распоряжении военную мощь и финансовые ресурсы Рейнского союза. Немецкие солдаты в составе Великой армии сражались в Испании, Италии, Польше. Система правосудия, армия, финансы – все было реорганизовано по французскому образцу. Таким образом, старые княжества входили в современный мир. Наполеоновское господство стало тяжелым, но полезным периодом германской истории. Страна нуждалась в чистке. В итоге сто двадцать крохотных государств исчезли с ее карты. Упразднение таможенных преград подхлестнуло германскую промышленность, только портовые города горько сетовали по поводу разорявшей их континентальной блокады.
Сохранившие независимость Пруссия и Австрия тоже понимали необходимость этих реформ. Французская революция вызвала там к жизни новое чувство – национализм, вслед за которым появилась и национальная армия. Годы после Тильзита, вплоть до 1813-го, стали для Пруссии временем политических и военных преобразований. «Друг просвещения» барон фон Штейн отменил крепостное право (1807) и ввел в городах самоуправление (1808). Группа блестящих военачальников – Шарнхорст, Гнейзенау, Блюхер, Йорк и великий стратег Клаузевиц реорганизовали прусскую армию, обеспечив ее пополнение хорошо обученными, благодаря быстрой ротации контингента, людьми. Философ Фихте, прославляя достоинства германского национального характера, пробуждал в народе патриотические чувства.
В многонациональной Австрии реформы давались с бóльшим трудом, однако эрцгерцогу Карлу удалось создать территориальную армию и ускорить ее перевооружение. Австрия ждала своего часа. В 1808 году в Эрфурте Наполеон принимал почести от четырех германских королей и тридцати четырех князей. Сам Гёте был очарован им. Тем не менее к 1809 году Австрия сочла себя готовой к выступлению. «Под защитой наших знамен – свобода всей Европы», – написал эрцгерцог Карл в обращении к своей армии.
Наблюдались проявления истинного патриотизма; австрийской армией командовали три эрцгерцога – Карл, Иоганн и Фердинанд д’Эсте. Первое время Наполеон одерживал победу за победой и 13 мая 1809 года вошел в Вену. Но уже через неделю после этого в Эсслинге эрцгерцог Карл развеял миф о непобедимости императора, который сам признался одному из своих генералов: «Если вы не видели австрийцев в Эсслинге, значит вы ничего не видели».