В середине XVI в. среди лютеранских богословов произошел раскол. Поводом послужило желание Ф. Меланхтона достичь компромисса сначала с католиками, затем с кальвинистами. В одном из самых сложных вопросов — толковании евхаристии — Меланхтон склонялся в пользу кальвинистской трактовки. Это и вызвало против него и его последователей оппозицию ортодоксальных лютеран, центром которой стал Йенский университет. В 70-е гг. XVI в. были предприняты попытки прекратить распри и выработать «формулу согласия» — единые исповедальные символы. Однако «формула согласия» (конкордия) 1577 г. получила признание только в курфюршествах Саксония, Бранденбург, в 20 герцогствах, 24 графствах, 35 имперских городах. Церковные власти Гессена, Анхальта, Померании, Нюрнберга отказались к ней присоединиться. В итоге достичь полного единообразия культа так и не удалось. Во второй половине XVI — начале XVII в. преобладала насильственная конфессионализация. Саксонский курфюрст присоединил епископства Мейсен, Наумбург и Мерзебург, курфюрст Бранденбургский — епископства Бранденбург, Гавельберг и Лебус, Хальберштадт и архиепископство Магдебург. Население этих территорий принуждалось к принятию лютеранства.
Управление лютеранской церкви, как правило, возглавлялось князем и имело сложную многоуровневую структуру. За правителем закреплялось право верховного надзора. Непосредственное управление осуществлялось через Верховную консисторию и консистории. Их члены контролировали финансовые расходы, подготовку пасторов и учителей. Главным церковным законодательным органом был Генеральный Синод. Важная функция принадлежала интендантам (генеральный интендант, специальные интенданты), осуществлявшим регулярные инспекции приходов, руководство приходскими выборами. В систему церковных учреждений были включены школы, гимназии и университеты. Выполнение духовной миссии возлагалось на пасторов. Протестантский пастор обладал солидной теологической и гуманистической подготовкой и опирался на поддержку светских властей, не останавливавшихся перед мелочной регламентацией всех сторон жизни подданных и превративших библейские десять заповедей в государственный закон. В результате доведения катехизиса до сознания каждого прихожанина, распространения элементарного обучения, крестьянское и городское население Германии получило больше сведений религиозного содержания и ближе узнало евангельское учение. Результаты христианской образованности в сельской местности были скромнее, так как крестьянство подчас проявляло религиозный консерватизм.
При всех нюансах протестантизм установил новое понимание религии как непосредственной связи между верующим и Христом. Было пересмотрено отношение к труду, который отныне рассматривали как религиозно-этическую ценность и призвание. Запрещались и преследовались многие элементы народной культуры, отменялись праздники. В практике проповеди подчеркивались важность и ценность семейной жизни, взаимные обязанности родителей и детей. Перед семьей была поставлена задача воспитания послушных подданных.
Первым из князей-лютеран, перешедшим на сторону кальвинизма в Германии в 1561-1563 гг., был курфюрст пфальцский Фридрих III. По его поручению в 1563 г. был составлен Гейдельбергский катехизис, который вскоре был признан всеми немецкими кальвинистами. Кальвинистская конфессионализация на протяжении 1570-х гг. охватила в основном мелкие владения: Лимбург, Нассау-Дилленбург, Текленбург, Реда, а также имперский город Бремен. Сын и наследник Фридриха III Людвиг VI (1539-1583) был фанатично предан лютеранству, но после его смерти регент Иоганн Казимир при малолетнем курфюрсте Фридрихе IV вернул Пфальц к кальвинизму и даже пытался примирить все протестантские учения. Поддержал Иоганна в попытках достичь компромисса между лютеранами и кальвинистами ландграф Гессен-Касссля Мориц. Однако, потерпев неудачу, он в 1604 г. перешел в реформатскую церковь.
Противоборство кальвинистов и лютеран усилилось после выработки последними «формулы согласия». Лютеране, видя в реформатской церкви серьезного соперника, высказывались в том духе, «что лучше паписты, чем кальвинисты». Тем не менее кальвинизм одерживал новые победы. Кальвинистскую конфессионализацию провели мелкие графства Вестфалии и нижнерейнского региона, большое значение имел переход в кальвинизм Анхальта (1589-1596) и курфюршества Бранденбург (1614).