Непосредственно осуществлением реформы в 1808-1810 гг. занимался министр образования Карл Вильгельм Гумбольдт (1767-1835). Положенная в основу реформ концепция Гумбольдта ориентировалась на гуманистические идеалы всеобщего образования. Школы, как полагал Гумбольдт, должны заботиться не об отдельном сословии, а обо всей нации и давать не узкоспециальные знания, а гармоничное всестороннее образование. Закон создавал единую государственную школу из трех ступеней: народной школы, гимназии, университета, которая заменила существовавшее до этого многообразие в виде церковных, частных, городских, корпоративных и государственных образовательных учреждений. Обязательность образования, введенная в 1717 г., только теперь стала строго исполняться. Появилось большое количество новых школ. В 1810 г. был открыт Берлинский университет, первым ректором которого стал известный философ Иоганн Готлиб Фихте (1762-1814). Впоследствии Берлинский университет был назван именем младшего брата К.-В. Гумбольдта, Александра Гумбольдта (1769-1859), знаменитого естествоиспытателя, путешественника, основателя таких научных дисциплин, как климатология, физическая география и др.
В 1812 г. ситуация в Европе стала быстро изменяться, что было связано с вторжением Наполеона в Россию. В рядах «великой армии» находились 23 тыс. саксонцев, 30 тыс. баварцев, 6 тыс. баденцев и т. д. В войне против России обязаны были участвовать и Австрия с Пруссией, выставившие по 20 тыс. солдат.
Разгром «великой армии» в России привел к отказу Пруссии от союза с Наполеоном и сближению с Россией. Уже в декабре 1812 г. генерал Л. фон Йорк, командовавший прусскими войсками в составе наполеоновской армии, отделился от французов и по собственной инициативе заключил с русским генералом И. И. Дибичем Таурогенскую конвенцию. Согласно этому документу прусские войска, действовавшие в Прибалтике, отступали в Восточную Пруссию и оставались нейтральными вплоть до решения прусским правительством вопроса о союзе с Россией. Фридрих Вильгельм III в тот момент считал Наполеона еще очень сильным, поэтому заявил публичный протест против Таурогенской конвенции и отстранил Йорка от командования. Однако Восточная Пруссия уже пришла в движение. В Кенигсберг из России прибыл бывший прусский министр Генрих Штейн, который тоже по своей собственной инициативе объявил о призыве в ландвер и о создании ландштурма. Штейн и Йорк призвали немецкий народ к войне против французов. Так началась освободительная война в Пруссии.
Национальное воодушевление, охватившее общество, приток добровольцев в прусскую армию, давление со стороны военных, особенно реформаторов, заставили прусского короля изменить позицию. В начале февраля он отправил своего специального представителя в ставку российского императора в Калиш для переговоров о союзе. В результате 16 февраля 1813 г. был подписан Калишский союзный трактат. По его условиям Пруссия должна была быть восстановлена в границах 1806 г.
Российско-прусский союзный договор заложил основы шестой антифранцузской коалиции. Через месяц, 16 марта, прусский король объявил войну Франции. На следующий день он обратился к населению Пруссии с воззванием «К моему народу», в котором призвал подданных к восстанию против Наполеона. Тем самым была установлена связь короны с патриотическим движением. Немецкое национальное восстание охватывало в основном территорию Пруссии. В государствах Рейнского союза население сохраняло лояльность Наполеону. Локальные волнения имели место в Берге и Вестфалии, но они были быстро подавлены.
Число участников шестой коалиции росло. К России и Пруссии присоединились Англия и Швеция. Скорость падения наполеоновской империи во многом зависела от позиции Австрии. После некоторых колебаний в августе 1813 г. она присоединилась к коалиции. 16-19 октября 1813 г. под Лейпцигом произошло самое крупное и кровавое сражение наполеоновских войн. «Битва народов» закончилась победой коалиции. Остатки «великой армии» отступили к Рейну. Наполеон лишился власти над многими частями своей империи. Развалился Рейнский союз. Германские государства одно за другим присоединялись к коалиции. Последней это сделала Саксония. Власть Наполеона над Германией была окончательно потеряна.
В ходе борьбы с наполеоновской Францией в Германии не звучали требования создания единого национального государства, не было выработано национальной программы. Более того, выдвигавшийся лозунг («За короля и отечество») придавал патриотический оттенок освободительной (для Пруссии) и антинаполеоновской (для государств Рейнского союза) войне, но означал, что под отечеством понимается отдельное государство. Немецкие армии в составе коалиции не были объединены. И, тем не менее, борьба против общего врага стала мощной объединяющей силой и важной вехой на пути образования нации. Если до конца XVIII в. можно говорить о немецкой нации как о «культурной», то в начале XIX в. происходит ее рождение в качестве «политической».