После Кёниггреца либеральное движение в Северной Германии переживало глубокий кризис. Либералы оказались перед выбором по вопросу: чему отдать предпочтение — свободе или единству. В Пруссии кризис либерального движения проявился в расколе оппозиционной правительству Партии прогрессистов. Часть прогрессистов, заявив о желании объединить защиту либеральных принципов с энергичной поддержкой национальной политики Бисмарка, создала «Новую фракцию национальной партии». Фракция стала ядром сформированной в последующие месяцы Национал-либеральной партии. Таким образом, либерализм разделился на два больших течения: на национал-либералов, для которых важнейшей задачей было объединение страны (поэтому они активно поддерживали Бисмарка), и «прогрессивных» либералов, которые на первый план выдвигали требования ясной либеральной политики и конституционных реформ.
В лагере консерваторов также произошли значительные изменения. Аннексия ряда германских государств расценивалась частью консерваторов (их стали называть староконсерваторами) как «революционная» политика, т. к. она нарушала принцип легитимности. Политический католицизм после изгнания Австрии из Германского союза потерял способность оказывать хоть какое-то влияние на ход событий в стране. Таким образом, политика Бисмарка ускорила эволюцию партийной системы в Пруссии и Северной Германии в целом.
Важнейшим последствием австро-прусской войны стало создание Северогерманского союза — федерации, в которую вошли 22 государства. Согласно принятой в 1867 г. конституции, главой государства стал прусский король и исполнительной властью — президиум. Союзный совет (Бундесрат) состоял из министров и уполномоченных союзных государств, однако равенства субъектов федерации конституция не устанавливала. Наибольшее количество голосов в Бундесрате (17 из 43) имела Пруссия, оставшиеся 26 голосов распределялись среди остальных членов Северогерманского союза. Председателем Бундесрата был союзный канцлер, пост которого занимал Бисмарк. Третьим союзным органом был Северогерманский рейхстаг, избираемый всеобщим, равным, прямым, тайным голосованием; он обладал правом законодательной инициативы и утверждения налогов. Конституция 1867 г. закрепляла гегемонию Пруссии в союзном государстве. Границей, разделившей Союз и южногерманские государства — Гессен-Дармштадт, Баден, Баварию и Вюртемберг, — стал Майн.
Быстрым заключением мира с Австрией Бисмарк помешал вмешательству Франции в германские дела. Во французском обществе и правящих кругах в середине 1860-х гг. все определеннее вызревала мысль о необходимости, учитывая начавшееся объединение Германии, выдвинуть собственные территориальные претензии. Летом 1866 г. Наполеон III поднял перед прусским правительством вопрос о территориальных компенсациях Франции за счет франкоговорящих областей Люксембурга и Бельгии. Бисмарк отверг это требование.
Не получив никаких компенсаций от Пруссии, Наполеон III скорректировал претензии. На тайных переговорах с нидерландским королем (Нидерланды и Люксембург были связаны личной унией) французский император потребовал передать Франции Люксембург за финансовое вознаграждение. Бисмарк обнародовал факт переговоров и, вызвав острый международный кризис, сорвал сделку.
На фоне обострявшихся франко-прусских отношений начался процесс сближения Франции и Австрии (с 1867 г. — Австро-Венгрии). Оба государства взяли курс на формирование Южногерманского союза в качестве противовеса Северогерманскому. В результате в 1867-1868 гг. появился шанс восстановления германского дуализма: с одной стороны, ведомый Пруссией Северогерманский союз, с другой — Южногерманский союз под внешним прикрытием Австро-Венгрии и поддержке Франции.
Учитывая в первую очередь позицию Франции, Бисмарк проводил в Южной Германии осторожную политику «малых шагов». Формально ничего не меняя в государственно-правовых отношениях, канцлер все прочнее связывал южногерманские государства с Северогерманским союзом. Они входили в Таможенный союз; торговые договоры постоянно возобновлялись. 1 января 1868 г. в силу вступил новый таможенный договор, который южногерманские либералы назвали первым мостом, переброшенным через Майн. Пруссия заключила с государствами Южной Германии военный союз. В них были проведены военные реформы по прусскому образцу, чем устранялось еще одно препятствие к будущему объединению. Однако мирной интеграции Южной Германии в единое государство мешали усилившиеся в конце 1860-х гг. антипрусские настроения, подогреваемые извне. Франция усиливала дипломатическую поддержку государств к югу от линии Майна, стремясь остановить хотя бы на этом этапе процесс объединения Германии и предотвратить появление на восточных границах мощного и энергичного государства. Логика национально-государственного строительства делала почти неизбежной новую войну с Францией за объединение Германии.