Соответственно этому по-разному выстраивалась его политика по отношению к этим двум частям империи — Южной Италии и Германии. Германия всегда оставалась для пего чужой страной. За всю свою жизнь он лишь трижды посетил ее, проведя там в общей сложности менее девяти лет. В отличие от своих предшественников, рассматривавших Германию как опорную базу для своих итальянских походов и поэтому стремившихся прежде всего, правда, с разной долей успеха, укрепить там свою власть, Фридрих II, с целью избежать открытого противодействия князей, охотно шел им на значительные уступки. Он сохранял и укреплял в стране систему вассально-ленных отношений как основу ее политического строя.
Особенно велики в преддверии борьбы с папством были уступки Фридриха II германскому духовенству. Он отказался от права сполий (jus spolii), составлявших источник королевской казны, т. е. от права наследования движимого имущества умерших епископов и аббатов, а также права пользования доходами от их владений вплоть до назначения их преемников. Кроме того, Фридрих предоставил крупным духовным князьям право чеканить монету и устанавливать таможенные пошлины на границах их владений.
Правда, многие предоставленные Фридрихом II светским и духовным князьям привилегии лишь подтверждали фактическое положение дел, являвшееся оборотной стороной итальянской политики Штауфенов. Поглощенные борьбой за императорскую корону, они были вынуждены сквозь пальцы смотреть на своеволие князей, захватывавших одну властную привилегию за другой, что объективно работало на процесс формирования территориальных княжеств, закреплявший политическую раздробленность страны.
Принципиально иной была политика Фридриха II в Южной Италии. Он предпринял целый ряд решительных мер, направленных на укрепление государственного порядка в Сицилийском королевстве. Были проведены реформы в государственном управлении и военном деле, переселены в Сицилию верные императору мусульмане, проделано многое другое, благодаря чему «осуществилось чудо быстрой, всеобъемлющей и глубокой реорганизации». Это было централизованное, управляемое назначенными Фридрихом чиновниками государство с развитой средиземноморской торговлей и богатыми городами, всю мощь и средства которого он подчинил своей имперской политике.
Первым ее шагом стала попытка утвердить имперский суверенитет в Северной Италии. С этой целью на рейхстаге в Кремоне (1226) Фридрих II задумал провести reformatio imperii — реформу управления, означавшую упрочение его власти в этой стране. Однако эта попытка потерпела крушение. При содействии папы Гонория III североитальянские города возобновили направленную против германского императора деятельность Ломбардской лиги.
Становившееся неизбежным столкновение с папой переросло в открытую борьбу, когда в 1227 г. папский престол занял решительный и властный Григорий IX, вскоре отлучивший императора от церкви. Надо отметить, что обе стороны не брезговали никаким средствами в борьбе друг с другом. Отлученный от церкви император, чтобы поднять свой престиж и реабилитироваться в глазах общества, в 1228 г. отплывает в Святую землю, демонстрируя, что он заботится об интересах христиан больше, чем папа. Впрочем и здесь он обнаруживает виртуозное владение искусством политического лавирования. Он отказывается от химерических планов уничтожения врагов веры и, вступив в переговоры с ними, добивается мирного соглашения с египетским султаном, выгодного для обеих сторон.
Папа не отстает от своего удачливого противника в использовании дозволенных и недозволенных средств. В обстоятельствах, связанных с татаро-монгольской угрозой, он отлучает от церкви христианского правителя, готового, по крайней мере на словах, защищать братьев во Христе и предает разграблению его земли.
Тяжелая изнурительная борьба с Ломбардской лигой и папской курией продолжалась с перерывами вплоть до самой смерти Фридриха, достигая подчас крайнего ожесточения и захватывая в свою орбиту практически всю Западную Европу. Кипучая деятельность Фридриха II, наполненная интригами и дипломатическими успехами, упорно разбивалась о возросшую мощь и вольнолюбивый дух итальянских городов. Многочисленные баталии, принося временные успехи, не достигали главной цели — подчинения их империи. К концу 1250 г. удача как будто вновь повернулась лицом к Фридриху: верные ему кремонцы одержали победу над ополчениями Феррары и Болоньи. Но императора сразила тяжелая болезнь, от которой ему не суждено было оправиться. Вместе с ним фактически умерла и династия, с чьим именем связан расцвет и упадок универсалистской политики.
Смерть Фридриха II предварила конец штауфеновской эпохи. Недолгие годы правления его сына Конрада IV (1250-1254) прошли в ожесточенной и безуспешной борьбе с папой Иннокентием — непримиримым врагом Штауфенов.
Складывание системы территориальных княжеств