Вторым важным шагом по подготовке уничтожения европейских евреев (Холокоста) было их перемещение в гетто за пределы рейха. Систематически оно началось с октября 1939 г., когда последовала их депортация из «новых земель» и Австрии в «генерал-губернаторство». Спустя два года началось выселение евреев из «старого рейха» в гетто Лодзи, Риги, Минска и Ковно, а с начала 1942 г. — прямо в лагеря уничтожения. Из 134 тыс. евреев, остававшихся в Германии к началу войны, уцелело 8 тысяч. С 1942 г. началась депортация евреев из всех европейских стран, оккупированных нацистами. Это служит серьезным доказательством, что все эти действия были идеологически и мировоззренчески мотивированы.
Фаза «геттоизации», которая рассматривалась как «переходная» стадия к последующему физическому уничтожению, потребовала создания отлаженной бюрократической машины и служебного рвения. Надо было составлять списки людей, адреса, координировать отправку, вовлекать полицию, кооперироваться с коммунальными службами, охранять места сбора людей, учитывать сбережения и имущество жертв. Все это проводилось с послушанием и бюрократической точностью. Тысячи помощников, которые были маленькими, но бесперебойно работающими колесиками огромной машины массового убийства, не хотели ничего знать или успокаивали себя тем, что речь идет о «высылке на работу куда-то на Восток». Так думали и многие жертвы. Депортации между тем проходили (как и сбор людей) на глазах у населения, на железнодорожных станциях, в нечеловеческих условиях и с жертвами.
Непрерывно прибывавшие в гетто транспорты порождали хаос и неразбериху. Полицейские власти самочинно расстреливали людей. Условия жизни в гетто Варшавы, Лодзи и др. городов были невообразимо ужасными: голод, эпидемии, болезни, физическое и психическое истощение уносили тысячи жизней. Осенью 1941 г. началась «зачистка» гетто, и их жертвы были отправлены в лагеря уничтожения.
Неудачи вермахта на Восточном фронте усилили ненависть к «врагам-евреям». По мере отдаления дня «окончательной победы» Третьего рейха, приближался день «окончательного решения еврейского вопроса». Важный шаг к этому был сделан на совещании руководства СС с многочисленными представителями государственных и экономических служб рейха 20 января 1942 г. в Ванзее (пригород Берлина). «Конференция» постановила «упорядочить» и поставить на конвейер дело уничтожения людей. Работоспособная часть должна была трудиться до их уморения работой и полуголодным существованием. Другая часть (старики, женщины, дети, нетрудоспособные) подлежала немедленной отправке в газовые камеры и крематории. Массовое убийство евреев и других безвинных жертв становилось все труднее скрывать, и это усиливало ненависть к оккупантам.
Но не все еврейское население было подобно «обреченному на бойню скоту». И в нечеловеческих условиях гетто люди проявляли мужество и сострадание. Самой известной попыткой изменить свою судьбу стало восстание евреев весной 1943 г. в Варшаве. Жители гетто протестовали против его ликвидации и высылки 70 тыс. остававшихся там людей в лагеря. Восстание потерпело поражение, а над его участниками была учинена кровавая расправа.
Начало войны послужило толчком к активизации строительства концентрационных лагерей внутри рейха, усилению эксплуатации в них рабской силы и росту массовых акций уничтожения людей. По мнению руководства СС в лице Г. Гиммлера, Р. Гейдриха, Адольфа Эйхманна (1906-1962) и др., массовые расстрелы людей имели «психические границы» и для палачей. Надо было придумать более «гуманные методы» уничтожения. Поэтому параллельно с массовыми расстрелами уже с осени 1941 г. стало практиковаться уничтожение людей с помощью газовых камер. Массовое отравление людей угольным оксидом и газом «Циклон Б» становилось «анонимным». Теперь жертвы и палачи не стояли друг против друга и не было необходимости смотреть друг другу в глаза. По распоряжению Гиммлера для подобных «гуманных» целей было построено первоначально три лагеря: Белзец, Собибор и Треблинка, где до октября 1943 г. было истреблено более 1 млн 600 тыс. людей. В окрестностях Лодзи действовали передвижные газовые камеры, замаскированные под грузовые автомобили, а также был построен лагерь Хелмно, где до июля 1944 г. было уничтожено еще 1,5 млн заключенных. Самым крупным лагерем, а также символом рабского труда и массового уничтожения стал лагерь Освенцим (Аушвиц), построенный в 1940 г. в 60 км от Кракова. По разным данным, в нем было уничтожено от 1 до 4 млн человек, главным образом евреев.