1 мая 1933 года он вступил в СА, тем самым сунув палец в шестеренку, которая позже затащила его целиком. Вскоре его статьи появились в «Штудентенпресс» — органе министерства культуры. Журналистская деятельность пришлась ему по душе. Он считал ее более выгодной, чем преподавание, в 1936 году окончательно оставил эту мысль и поступил редактором в ДНЕ — официальное германское агентство печати. Там он занимался главным образом темой Олимпийских игр, а однажды встретился с одним из своих прежних профессоров, доктором Сиксом, который оставил университет и вступил в СД, где стал заведовать секцией печати. Доктору Сиксу не составило труда привлечь своего бывшего ученика: в 1937 году Кнохен стал работать в центральной службе СД в Берлине и получил звание оберштурмфюрера СС (капитана). Сначала ему поручили анализировать германскую печать, а вскоре французскую, бельгийскую и голландскую. Особое внимание он уделял газетам, издававшимся эмигрантами, а также собирал о них всякую информацию. Успех операции в Венло дал ему известность, он в один день получил Железный крест 1-го и 2-го класса. После этого Кнохену поручили возглавить зондеркоманду, которая появилась в Париже 14 июня 1940 года.
Кнохен обосновался в Париже — сначала в отеле «Лувр», потом в отеле «Скриб», затем в доме номер 57 на бульваре Ланн и, наконец, в доме номер 72 на авеню Фош, где жил вплоть до разгрома немцев в августе 1944 года. Это был поджарый человек, с усталым и немного надменным лицом, на котором выделялись серо-голубые глаза. Нос прямой и тонкий, рот широкий и чуть-чуть искривлен влево, что придавало ему выражение легкого презрения. Большой лоб интеллектуала, выпуклый и открытый. Шатен. Внешность довольно неожиданная для шефа «автономной команды специального назначения». Таков был молодой человек, взявший в свои руки бразды правления германской полиции в Париже, доктор философии Кнохен, совсем не похожий на «твердокаменный» тип, каким его обычно представляют. Манеры и культура тем не менее не мешали ему выполнять свою работу.
Военные, узнав о появлении службы Кнохена в Париже, напомнили ему, что у него нет никакой власти, и, чтобы «урегулировать ситуацию», поставили его под свой контроль.
Кнохен поклялся, что он не намерен посягать на прерогативы оккупационной армии, поскольку ему поручено заниматься немецкими и австрийскими эмигрантами и антинацистами, коммунистами, евреями и франкмасонами — всеми врагами нацизма. Он обещал испрашивать поддержку секретной полевой полиции всякий раз, когда будут необходимы «исполнительные меры», то есть обыски и аресты. Кнохен маневрировал с такой легкостью, что ему удалось даже заключить соглашение с шефом военной полиции доктором Зова. Тотчас команда Кнохена взялась за выполнение своей миссии: закрывала офисы антигерманских и антинацистских учреждений, захватывала архивы, устраивала обыски у немецких эмигрантов, франкмасонов, некоторых политических деятелей, повсюду собирала компрометирующие бумаги. Она всегда обращалась к военной полиции, когда был необходим арест эмигранта, не решившегося покинуть Париж.
Военные считали, что команду Кнохена легко будет держать в руках, поскольку они немногочисленны. 20 человек — сущий пустяк в сравнении с 2500 человек полевой полиции, которые обосновались в Париже, а вскоре достигли численности 6 тысяч.
Но Кнохен укрепил свою точку: ему на подмогу пришла вторая зондеркоманда, тоже примерно из двух десятков людей, под командованием гауптштурмфюрера Киффера.
Затем в начале августа прибыла третья группа во главе с унтерштурмфюрером СС Роландом Нозеком со специальным заданием собирать политические сведения. Нозек был специалистом в этой области. Член партии с 1932 года, он побывал в Италии, Бельгии, Венгрии, Турции, Румынии, Греции и Франции.
Он бегло говорил по-французски, по-английски и по-испански. С 1938 года Нозек принадлежал к внешней службе СД и сам сформировал себе группу, отбирая сотрудников, которые прекрасно говорят по-французски, знают Францию и уже установили там кое-какие личные связи. В этой третьей команде были разные люди: немцы — бывшие служащие или коммерсанты, разведенная графиня, два люксембуржца, одна молодая чешская учительница.
Последняя группа разместилась в отеле «Боккадор», а свои служебные помещения разместила в здании французской сыскной полиции — улица Соссэ, 11, где также находился со своими людьми представитель гестапо и шеф немецкой сыскной полиции по Франции Бемельбург.