Черты абсолютистского правления сёгунат приобретает лишь в XVII–XVIII вв., когда происходит ужесточение методов правления, создается его разветвленный полицейский аппарат. Иэясу, правитель третьего токугавского сёгуната, военным путем объединил страну. Конфисковав владения многих феодалов и буддийских монастырей, он стал крупнейшим землевладельцем.
Укрепление позиций третьего сёгуната привело к полному устранению какого бы то ни было политического влияния императора. В токугавском сёгунате была введена новая должность
Однако централизация Японии и в это время носила относительный характер. Феодальные княжества как административно-политические единицы не были ликвидированы. Местные князья сохраняли право управления, суда на своих территориях. Но у сёгуна была власть отнять все или часть владений даймё со всеми его полномочиями. Неизменно оставались под контролем бакуфу торговля и ремесло в крупных городах, как и горнорудные предприятия.
Одним из средств укрепления власти сёгуна в это время была система заложничества, окончательно закрепленная законом в 1635 году. Согласно закону все даймё должны были попеременно проживать в доме сёгуна, а возвращаясь в свои владения, оставлять в Эдо (столице сёгуната) свои семьи. Система заложничества распространялась и на сыновей императора.
Сосредоточивая в центре всю полноту властных полномочий, сёгун опирался на военно-полицейский аппарат, лишенный многих пышных атрибутов времени императорского правления, но столь же многочисленный и разветвленный. Ближайшим помощником сёгуна был его первый советник (тпайро), выполнявший в случае необходимости обязанности регента. Он, как правило, и назначался при чрезвычайных обстоятельствах. Кроме того, при сёгуне существовал круг старших советников
Местное управление.
С введением надельной системы в Японии в 645 году было связано территориальное деление страны на провинцииС утверждением сёгуната во все провинции стали назначаться военные губернаторы, или протекторы (сюго), которые находились там наряду с правителями областей, назначаемыми императором. В их обязанность входил контроль за выполнением повинностей в пользу центрального правительства, подавление мятежей, преследование политических противников сёгуна, охрана провинций. В распоряжении сюго был местный гарнизон. В частновладельческие поместья посылались специальные уполномоченные правительства, главной обязанностью которых был контроль за доходами поместья, за внесением феодалами всех налогов, и прежде всего военного, преследование смутьянов. Эти и другие меры не приводили, однако, к желаемым результатам в периоды ослабления власти сёгуна. Так, например, в XV в. местные князья из числа бывших протекторов присвоили себе право судебного и налогового иммунитета, запрещая чиновникам сёгуна появляться в их владениях. Сломить своеволие местных князей с помощью жестоких военно-полицейских мер удалось в определенной мере лишь в токугавской Японии.