Поспешность в составлении Кодекса была причиной многих его недостатков (противоречий, устарелых положений), которые стали особенно очевидными в связи с составлением других частей кодификации Юстиниана. Целый ряд нововведений, содержавшихся в законодательстве Юстиниана, особенно в сборнике "50 решений" (отмена различий между гражданским правом и "правом народов", между квиритской и бонитарной собственностью и т. д.), делали необходимой разработку новой редакции Кодекса Юстиниана. Эта работа была поручена в начале 534 года комиссии из 5 юристов под руководством Трибониана. Переработанный вариант Кодекса (именно в этом виде он и сохранился) был опубликован 16 ноября 534 года, а 29 декабря того же года был наделен силой закона.
По примеру Законов XII таблиц Кодекс Юстиниана был разделен на 12 книг. В книге I рассматриваются вопросы церковного права и христианской теологии, книги 2–8 посвящены различным вопросам частного права, в книгах 9 — 12 затрагиваются различные стороны публичного права (административное управление, преступления и наказания и т. д.). Каждая книга распадается на титулы, а последние — на фрагменты.
В рамках отдельных титулов императорские конституции расположены в хронологическом порядке; древнейшая из использованных в Кодексе — Конституция Адриана 117 года (6.23.1), самая поздняя — Конституция Юстиниана от 4 ноября 534 года. Фрагменты, содержащие текст отдельных конституций, включают сведения об издавшем их императоре, о лице, кому они адресованы, о дате и месте их издания. Составителем Кодекса было разрешено вносить существенные изменения в цитируемые законодательные положения (редактировать, сокращать и т. д.), о чем свидетельствуют сравнения с соответствующими текстами конституций по Кодексу Феодосия.
Важнейшую часть кодификации императора Юстиниана, выделявшуюся по богатству использованного правового материала, составляют дигесты, или пандекты. Последний термин позаимствован из греческого языка, что означает "содержащий в себе все".
По замыслу Юстиниана, изложенному в специальной Конституции от 12 декабря 530 года, его дигесты должны были стать всеобъемлющим сборником, охватывающим правовое наследие классической эпохи. Подготовка дигест была поручена специальной комиссии под руководством Трибониана, в которую вошли помимо видных чиновников и практиков известные профессора константинопольской (Феофил, Грациан) и бейрутской (Дорофей и Анатолий) правовых школ. Составители дигест (позднее они стали называться компиляторами) были наделены широкими полномочиями по отбору и сокращению текстов классических юристов ("древних юристов"), по устранению в них противоречий, повторений и устаревших положений, по внесению в них иных изменений с учетом императорских конституций.
В процессе работы над дигестами комиссия просмотрела и использовала 2 тыс. сочинений, обработала 3 млн. строчек. В случае возникновения спорных вопросов она обращалась за разъяснениями к Юстиниану, который издавал соответствующие конституции, составившие "50 решений". Дигесты, учитывая масштабность использованного в них материала, были подготовлены исключительно за короткий срок, опубликованы 16 декабря 533 года специальной Конституцией.
Дигесты представляют собой уникальный правовой памятник, насчитывающий около 150 тыс. строк, включающий более 9 тыс. текстов, взятых из книг римских юристов, живших с I в. до н. э. по IV в. н. э. Более других в Дигестах цитируются Ульпиан, Павел, Папиниан, Юлиан, Помпоний, Модестин. Так, тексты Ульпиана составляют 1/3, Павла — 1/6, Папиниана — 1/18 часть.
Структурно Дигесты делятся на семь частей (в самом тексте такой рубрики нет) и на 50 книг, которые в свою очередь (кроме книг 30–32 о легатах и фидеикомиссах) расчленяются на титулы, имеющие названия. Титулы состоят из фрагментов, число и размеры которых неодинаковы. Каждый фрагмент содержит в себе текст из сочинения какого-нибудь юриста. Фрагмент приводится с указанием автора и названия работы, откуда почерпнута цитата.
Содержание Дигест весьма широко и разнообразно. В них рассматриваются некоторые общие вопросы правосудия и права, обосновывается деление права на публичное и частное, дается очерк возникновения и развития римского права, излагается понимание закона и т. д. Сравнительно немного места отведено публичному праву, главным образом в последних книгах (47–50), где говорится о преступлениях и наказаниях, о процессе, правах фиска, городском управлении, военном пекулии и т. п. Представлены здесь и вопросы, относящиеся к сфере международного права: ведение войны, прием и отправка посольств, статус иностранцев и т. д.