Государь, сменив Наместника, бывшего в Великих Луках, Князя Ивана Оболенского-Лыка. велел ему заплатить большое количество серебра тамошним гражданам, которые приносили на него жалобы, отчасти несправедливые. Князь Лыко в досаде уехал к брату Иоаннову, Борису, в Волок Ламский, пользуясь древним правом Боярским переходить из службы Государя Московского к Князьям Удельным. Иоанн требовал сего беглеца от брата; но Борис ответствовал: «не выдаю; а если он виновен, то нарядим суд». Вместо суда Великий Князь приказал Наместнику Боровскому тайно схватить Лыка, где бы то ни было, и скованного представить в Москву: что он и сделал. Князь Борис Васильевич оскорбился; писал к брату, Андрею Суздальскому, о сем беззаконном насилии и говорил, что Иоанн тиранствует, презирает святые древние уставы и единоутробных, не дал им части ни из Удела Юриева, ни из областей Новогородских, завоевав их вместе с ними; что терпению должен быть конец и что они не могут после того жить в Государстве Московском. Андрей был такого же мнения: собрав многочисленную дружину, оба с женами и детьми выехали из своих Уделов; не хотели слушать Боярина Иоаннова, посланного уговорить их; спешили к Литовской границе, злодействуя на пути огнем и мечом как в земле неприятельской; остановились в Великих Луках и требовали от Казимира, чтобы он за них вступился. Король, обрадованный сим случаем, дал город Витебск на содержание их семейств, к крайнему беспокойству всех Россиян, устрашенных вероятностию междоусобной войны. Между тем Великий Князь подозревал мать свою в тайном согласии с его братьями, зная отменную любовь ее к Андрею, и хотел быть великодушным: послал к ним Ростовского Святителя, Вассиана, с Боярином Василием Федоровичем Образцом, и предлагал мир искренний, обещая Андрею, сверх наследственного Удела. Алексин и Калугу. Но братья с гордостию отвергнули все убеждения Вассиановы и милость Иоаннову.
Тогда услышали в Москве о походе Ахмата, который шел медленно, ожидая вестей от Казимира. Иоанн все предвидел: как скоро Золотая Орда двинулась, Менгли-Гирей, верный его союзник, по условию с ним напал на Литовскую Подолию и тем отвлек Казимира от содействия с Ахматом. Зная же, что сей последний оставил в своих Улусах только жен, детей и старцев, Иоанн велел Крымскому Царевичу Нордоулату и Воеводе Звенигородскому, Князю Василью Ноздреватому, с небольшим отрядом сесть на суда и плыть туда Волгою, чтобы разгромить беззащитную Орду или по крайней мере устрашить Хана. Москва в несколько дней наполнилась ратниками. Передовое войско уже стояло на берегу Оки. Сын Великого Князя, младой Иоанн, выступил со всеми полками из столицы в Серпухов 8 июня (1480 г.); а дядя его, Андрей Меньший, из своего Удела. Сам Государь еще оставался в Москве недель шесть; наконец, сведав о приближении Ахмата к Дону, 23 июля отправился в Коломну, поручив хранение столицы дяде своему, Михаилу Андреевичу Верейскому, и Боярину Князю Ивану Юрьевичу, Духовенству, купцам и народу. Кроме Митрополита, находился там Архиепископ Ростовский, Вассиан, старец ревностный ко славе отечества. Супруга Иоаннова выехала с двором своим в Дмитров, откуда на судах удалилась к пределам Белаозера; а мать его, Инокиня Марфа, вняв убеждениям Духовенства, к утешению народа осталась в Москве.