Убегая Митрополита, Царь однако ж видал его в церкви. В день Св. Апостолов Прохора и Никанора, 28 июля, Филипп служил в Новодевичьем монастыре и ходил по стене с крестами: тут был и Царь с опричниками, из коих один шел за ним в тафье
: Митрополит, увидев сие бесчиние, остановился и с негодованием сказал о том Государю; но опричник уже спрятал свою тафью. Царя уверили, что Филипп выдумал сказку, желая возбудить народ против любимцев Государевых. Иоанн забыл всю пристойность: торжественно ругал Митрополита, называл лжецом, мятежником, злодеем; клялся, что уличит его во всем — и приступил к делу по совету с коварным Духовником своим, Благовещенским Протоиереем Евстафием, тайным Филипповым ненавистником. Немедленно отправились в Соловки Епископ Суздальский Пафнутий, Архимандрит Андрониковский Феодосий и Князь Василий Темкин, прежде воин именитый, тогда ревностный слуга тиранства, подобно Басмановым и другим. Надлежало ли так далеко искать клеветников гнусных? Но Царь хотел омрачить добродетель в самом ее светлом источнике; где Филипп прославился ею, там открыть его мнимое лицемерие и нечистоту душевную: сия мысль казалась Иоанну искусною хитростию. Послы Царские то ласкали, то ужасали Монахов Соловецких, требуя, чтобы они бесстыдно лгали на своего бывшего Игумена: все говорили, что Филипп свят делами и сердцем; но сыскался один, который дерзнул утверждать противное: их глава, Игумен Паисий, в надежде сделаться Епископом. Изобрели доносы, улики, представили Иоанну, и велели Митрополиту явиться на суд. Царь, Святители, Бояре сидели в молчании. Игумен Паисий стоял и клеветал на святого мужа с неслыханною дерзостию. Вместо оправдания бесполезного, Митрополит тихо сказал Паисию, что злое сеяние не принесет ему плода вожделенного; а Царю: «Государь, Великий Князь! Ты думаешь, что я боюся тебя или смерти: нет! Достигнув глубокой старости беспорочно, не знав в пустынной жизни ни мятежных страстей, ни козней мирских, желаю так и предать дух свой Всевышнему, моему и твоему Господу. Лучше умереть невинным мучеником, нежели в сане Митрополита безмолвно терпеть ужасы и беззакония сего несчастного времени. Твори, что тебе угодно. Се жезл Пастырский; се белый клобук и мантия, коими ты хотел возвеличить меня. А вы, Святители, Архимандриты, Игумены и все служители олтарей! Пасите верно стадо Христово; готовьтеся дать отчет и страшитеся Небесного Царя еще более, нежели земного». Он хотел удалиться: Царь остановил его; сказал, что ему должно ждать суда, а не быть своим судиею: принудил его взять назад утварь Святительскую и еще служить Обедню в день Архангела Михаила (8 Ноября). Когда же Филипп в полном облачении стоял пред олтарем в храме Успения, явился там Боярин Алексей Басманов с толпою вооруженных опричников, держа в руке свиток. Народ изумился. Басманов велел читать бумагу: услышали, что Филипп собором Духовенства лишен сана Пастырского. Воины вступили в олтарь, сорвали с Митрополита одежду Святительскую, облекли его в бедную ризу, выгнали из церкви метлами и повезли на дровнях в обитель Богоявления. Народ бежал за Митрополитом, проливая слезы: Филипп с лицом светлым, с любовию благословлял людей и говорил им: «молитеся!» На другой день привели его в судную палату, где был сам Иоанн, для выслушания приговора: Филиппу, будто бы уличенному в тяжких винах и в волшебстве, надлежало кончить дни в заключении. Тут он простился с миром, великодушно, умилительно; не укорял судей, но в последний раз молил Иоанна сжалиться над Россиею, не терзать подданных,-вспомнить, как Царствовали его предки, как он сам Царствовал в юности, ко благу людей и собственному. Государь, не ответствуя ни слова, движением руки предал Филиппа воинам. Дней восемь сидел он в темнице, в узах; был перевезен в обитель Св. Николая Старого, на берегу Москвы-реки; терпел голод и питался молитвою. Между тем Иоанн истреблял знатный род Колычевых: прислал к Филиппу отсеченную голову его племянника Ивана Борисовича и велел сказать: «се твой любимый сродник: не помогли ему твои чары!» Филипп встал, взял голову, благословил и возвратил принесшему. Опасаясь любви граждан Московских ко сверженному Митрополиту — слыша, что они с утра до вечера толпятся вокруг обители Николаевской, смотрят на келию заключенного и рассказывают друг другу о чудесах его святости — Царь велел отвезти страдальца в Тверской монастырь, называемый Отрочим, и немедленно избрал нового Митрополита, Троицкого Архимандрита, именем Кирилла, к досаде Пимена, имевшего надежду заступить место Филиппа.