Иоанн уже не отвечал Курбскому: ибо не мог ничем хвалиться, ни грозить в тогдашних обстоятельствах и в расположении своего духа. Он написал в Москву к Государственному Дьяку Андрею Шелкалову, что должно объявить успехи неприятеля жителям ее хладнокровно и спокойно. Созвав граждан, умный Дьяк сказал им: «Добрые люди! Знайте, что Король взял Полоцк и сжег Сокол: весть печальная; но благоразумие требует от нас твердости. Нет постоянства в свете; счастие изменяет и Великим Государям. Полоцк в руках у Стефана: вся Ливония в наших. Пали некоторые Россияне: пало гораздо более Литовцев. Утешимся в малой несгоде воспоминанием столь многих побед и завоеваний Царя православного!» Удостоверенный в тишине, в спокойствии Москвы, Иоанн велел Боярам написать к Литовской Думе, что он мыслил немедленно идти на Короля, но что Советники Государственные, жалея слез Христианских, умолили его, хотя и не без великого труда, остановить все неприятельские действия; что Стефан докажет свою истинную любовь к человечеству и справедливости, если, уняв кровопролитие, вступит с Царем в переговоры о вечном мире,
В Генваре 1580 года он созвал знаменитейшее Духовенство в столицу: Архиепископа Александра Новогородского, Иеремию Казанского, Давида Ростовского, всех Епископов, Архимандритов, Игуменов, славнейших умом или благочестием Иноков; торжественно объявил им, что церковь и православие в опасности; что бесчисленные враги восстали на Россию; что с одной стороны неверные Турки, Хан, Ногаи, — с другой Литва, Польша, Венгры, Немцы, Шведы как дикие звери разинули челюсти, дабы поглотить нас; что он с сыном своим, с Вельможами и Воеводами бодрствует день и ночь для спасения Державы, но что Духовенство обязано содействовать им в сем великом подвиге; что мы, имея людей, не имеем казны достаточной; что войско скудеет и нуждается, а монастыри богатеют; что Государь требует жертвы от Духовенства, и что Всевышний благословит его усердие к отечеству. Предложение было важно и затруднительно. Великий дед Иоаннов хотел коснуться церковного достояния, но оставил сию мысль, встреченный сильным прекословием Святителей: внук умерил требования, и Собор приговорил грамотою, что земли и села