Наконец Архиепископ Геннадий открыл ересь в Новегороде: собрав все об ней известия и доказательства, прислал дело на суд Государю и Митрополиту вместе с виновными, большею частию Попами и Диаконами; он наименовал и Московских их единомышленников, кроме Зосимы и Дьяка Федора Курицына. Государь призвал Епископов, Тихона Ростовского, Нифонта Суздальского, Симеона Рязанского, Вассиана Тверского, Прохора Сарского, Филофея Пермского, также многих Архимандритов, Игуменов, Священников и велел Собором исследовать ересь. Митрополит председательствовал. С ужасом слушали Геннадиеву обвинительную грамоту: сам Зосима казался изумленным. Архиепископ Новогородский доносил, что сии отступники злословят Христа и Богоматерь, плюют на кресты, называют иконы болванами, грызут
Но Зосима, не дерзнув на Соборе покровительствовать своих обличенных тайных друзей, остался в душе еретиком; соблюдая наружную пристойность, скрытно вредил Христианству, то изъясняя ложно Св. Писание, то будто бы с удивлением находя в нем противоречия; иногда же, в порыве искренности, совершенно отвергая учение Евангельское, Апостольское, Святых Отцов, говорил приятелям: «Что такое Царство Небесное? что второе пришествие и воскресение мертвых? кто умер, того нет и не будет». Придворный Дьяк Федор Курицын и многие его сообщники также действовали во мраке; имели учеников; толковали им Астрологию, иудейскую мудрость, ослабляя в сердцах Веру истинную. Дух суетного любопытства и сомнения в важнейших истинах Христианства обнаруживался в домах и на торжищах: Иноки и светские люди спорили о Естестве Спасителя, о Троице, о святости икон, и проч. Все зараженные ересию составляли между собою некоторый род тайного общества, коего гнездо находилось в палатах Митрополитовых: там они сходились умствовать и пировать. — Ревностные враги их заблуждений были предметом гонения: Зосима удалил от церкви многих Священников и Диаконов, которые отличались усердием к православию и ненавистию к Жидовскому расколу. «Не должно (говорил он) злобиться и на еретиков, Пастыри духовные да проповедуют только мир!»
Так повествует Св. Иосиф, основатель и начальник монастыря Волоколамского, Историк, может быть, не совсем беспристрастный: по крайней мере смелый, неустрашимый противник ереси: ибо он еще во времена Зосимина Первосвятительства дерзал обличать ее, как то видим из письма его к Суздальскому Епископу Нифонту. «Сокрылись от нас, — пишет Иосиф, — отлетели ко Христу древние орлы Веры, Святители добродетельные, коих глас возвещал истину в саду Церкви и которые истерзали бы когтями всякое око, неправо зрящее на божественность Спасителя. Ныне шипит тамо змий пагубный, изрыгая хулу на Господа и Его матерь». Он заклинает Нифонта очистить Церковь от неслыханного дотоле соблазна, открыть глаза Государю, свергнуть Зосиму: что и совершилось. Уверился ли Великий Князь в расколе Митрополита, неизвестно; но в 1494 году, без суда и без шума, велел ему как бы добровольно удалиться в Симонов, а оттуда в Троицкий монастырь за то, как сказано в летописи, что сей Первосвятитель не радел о Церкви и любил вино. Благоразумный Иоанн не хотел, может быть, соблазнить Россиян всенародным осуждением Архипастыря, им избранного, и для того не огласил его действительной вины.