В то время, когда двор и столица ликовали, празднуя свадьбу юного Великого Князя, Государь сведал о злобной измене нашего Казанского присяжника, Магмет-Аминя. Сей так называемый Царь всего более любил корысть и лукавую жену свою, бывшую вдову Алегамову, которая несколько лет жила невольницею в Вологде. Ненавидя Россиян как злодеев ее первого мужа, она замышляла кровопролитную месть, тайно беседовала с Вельможами Казанскими о средствах и приступила к делу, возбуждая Магмет-Аминя быть истинным, независимым Владетелем. «Что ты? раб Московского тирана, — говорила ему Царица: — ныне на престоле, завтра в темнице и подобно Алегаму умрешь невольником. Цари и народы презирают тебя. Воспряни от унижения к величию: свергни иго или погибни достойным славы». Пленительные ласки ее действовали еще сильнее красноречия: она день и ночь, по словам Летописца,
Надменный убийством мирных гостей, Магмет-Аминь вооружил 40000 Казанцев, призвал 20000 Ногаев, вступил в Россию, умертвил несколько тысяч земледельцев, осадил Нижний Новгород и выжег все посады. Воеводою был там Хабар Симский: имея мало воинов для защиты города, он выпустил из темницы 300 Литовских пленников, взятых на Ведроше; дал им ружья и Государевым именем обещал свободу, если они храбростию заслужат ее. Сия горсть людей спасла крепость. Будучи искусными стрелками, Литовцы убили множество неприятелей и в том числе Ногайского Князя, шурина Магмет-Аминева, который, стоя близ стены, распоряжал приступом. Видя его мертвого, Ногайские полки уже не хотели биться: сделалась распря между ими и Казанцами; началось даже кровопролитие. Царь едва мог смирить их; снял осаду и бежал восвояси. — Литовские пленники немедленно были освобождены, с честию, благодарностию и дарами.
Великий Князь не успел наказать Магмет-Аминя: высланные против него Московские Воеводы худо исполнили свою обязанность; имея около 100000 ратников, не пошли за Муром и дали неприятелю удалиться спокойно. В сие время болезнь Иоаннова усилилась: подобно великому своему деду, Герою Донскому, он хотел умереть Государем, а не Иноком; склоняясь от престола к могиле, еще давал повеления для блага России и тихо скончался 27 октября 1505 года, в первом часу ночи, имев от рождения 66 лет 9 месяцев и властвовав 43 года 7 месяцев. Тело его погребли в новой церкви Св. Архистратига Михаила. Летописцы не говорят о скорби и слезах народа: славят единственно дела умершего, благодаря Небо за такого Самодержца!