Второй Собор был при Симоне Митрополите. В 1500 году раздав Новогородские церковные земли Детям Боярским, Великий Князь мыслил, что Духовенству, и в особенности Инокам, непристойно владеть бесчисленными селами и деревнями, которые возлагали на них множество мирских забот. Сие важное дело именем Государя было предложено Митрополиту и всем Епископам в общем их совете. Иоанн не присутствовал в оном. Митрополит послал к нему Дьяка Леваша с такими словами: «Отец твой, Симон Митрополит всея Русии, Епископы и весь Освященный Собор говорят, что от Равноапостольного Великого Царя Константина до позднейших времен везде Святители и монастыри
На третьем Соборе (в 1503 году) Иоанн уставил с Митрополитом, следуя правилам Апостольским и Св. Петра Чудотворца, чтобы ни Иереи, ни Диаконы вдовые не священнодействовали. «Забыв страх Божий, — сказано в сем приговоре, — многие из них держали наложниц, именуемых
Ревностный ко благу и достоинству Церкви, Великий Князь с удовольствием видел новую честь Духовенства Российского. Прежде оно искало милости в Византийских Святителях: тогда Москва сделалась Византиею, и Греки приходили к нам не только за дарами, но и за саном Святительским. В 1464 году Митрополит Феодосий поставил в Москве Митрополита Кесарии. Патриарх Иерусалимский, угнетаемый тиранством Египетского Султана, оставил Святые места и скончался на пути в Россию. Она была утешением бедных Греков, которые хвалились ее Православием и величием как бы их собственным. Знаменитые монастыри Афонские существовали нашими благодеяниями, в особенности монастырь Пантелеймона, основанный древними Государями Киевскими.
Соглашая уважение к Духовенству с правилами всеобщей монаршей власти, Иоанн в делах Веры соглашал терпимость с усердием ко Православию. Он покровительствовал в России и Магометан и самых Евреев, но тем более изъявлял удовольствия, когда Христиане Латинской церкви добровольно обращались в наше исповедание. Вместе с братом Великой Княгини Софии, с Италиянскими и с Немецкими художниками в 1490 году приехал в Москву Каплан Августинского Ордена, именуемый в летописи Иваном
Описав государственные и церковные деяния, упомянем о некоторых бедствиях сего времени. В 1478 и 1487 годах возобновлялся мор в северо-западных областях России, Устюге, Новегороде, Пскове. Были неурожаи, голые зимы, чрезвычайные разлития вод, необыкновенные бури, и в 1471 году, Августа 29, землетрясение в Москве. Целые города обращались в пепел, а столица несколько раз. В сих ужасных пожарах, днем и ночью, Великий Князь сам являлся на коне с Детьми Боярскими, оставляя трапезу и ложе: указывал, распоряжал, тушил огонь, ломал домы и возвращался во дворец уже тогда, как все угасало.