В сие время — 26 Августа 1536 года — Князь Юрий Иоаннович умер в темнице от голода, как пишут. Андрей был в ужасе. Правительница звала его в Москву на совет о делах внешней политики: он сказался больным и требовал врача. Известный лекарь Феофил не нашел в нем никакой важной болезни. Елену тайно известили, что Андрей не смеет ехать в столицу и думает бежать. Между тем сей несчастный писал к ней: «В болезни и тоске я отбыл ума и мысли. Согрей во мне сердце милостию. Неужели велит Государь влачить меня отсюда на носилках?» Елена послала Крутицкого Владыку Досифея вывести его из неосновательного страха или, в случае злого намерения, объявить ему клятву церковную. Тогда же Боярин Андреев, отправленный им в Москву, был задержан на пути, и Князья Оболенские, Никита Хромый с конюшим Телепневым, предводительствуя многочисленною дружиною, вступили в Волок, чтобы гнаться за беглецом, если Досифеевы увещания останутся бесполезными. Андрею сказали, что Оболенские идут схватить его; он немедленно выехал из Старицы с женою и с юным сыном; остановился в шестидесяти верстах, думал и решился — быть преступником: собрать войско, овладеть Новымгородом и всею Россиею, буде возможно; послал грамоты к областным Детям Боярским и писал к ним: «Великий Князь младенец; вы служите только Боярам. Идите ко мне: я готов вас жаловать». Многие из них действительно явились к нему с усердием; другие представили мятежные грамоты в Государственную Думу. Надлежало взять сильные меры: Князь Никита Оболенский спешил защитить Новгород, а Князь Иван Телепнев шел с дружиною вслед за Андреем, который, оставив большую дорогу, поворотил влево к Старой Русе. Князь Иван настиг его в Тюхоли; устроил воинов, распустил знамя и хотел начать битву. Андрей также вывел свою дружину, обнажив меч; но колебался и вступил в переговоры, требуя клятвы от Телепнева, что Государь и Елена не будут ему мстить. Телепнев дал сию клятву и вместе с ним приехал в Москву, где Великая Княгиня, по словам Летописца, изъявила гнев своему любимцу, который будто бы сам собою, без ведома Государева, уверил мятежника в безопасности, и велела Андрея оковать, заключить в тесной палате; к Княгине его и сыну приставили стражу; Бояр его, советников, верных слуг пытали, несмотря на их знатный Княжеский сан: некоторые умерли в муках, иные в темницах; а Детей Боярских, взявших сторону Андрееву, числом тридцать, повесили как изменников на дороге Новогородской, в большом расстоянии один от другого. — Андрей имел участь брата: умер насильственною смертию чрез шесть месяцев и, подобно ему, был с честию погребен в церкви Архангела Михаила. Он, конечно, заслуживал наказание, ибо действительно замышлял бунт; но казни тайные всегда доказывают малодушную злобу, всегда беззаконны, и притворный гнев Елены на Князя Телепнева не мог оправдать вероломства.
Таким образом в четыре года Еленина правления именем юного Великого Князя умертвили двух единоутробных братьев его отца и дядю матери, брата внучатного ввергнули в темницу, обесчестили множество знатных родов торговою казнию Андреевых Бояр, между коими находились Князья Оболенские, Пронский, Хованский, Палецкий. Опасаясь гибельных действий слабости в малолетство Государя самодержавного, Елена считала жестокость твердостию но сколь последняя, основанная на чистом усердии к добру, необходима для государственного блага, столь первая вредна оному, возбуждая ненависть; а нет Правительства, которое для своих успехов не имело бы нужды в любви народной. — Елена предавалась в одно время и нежностям беззаконной любви и свирепству кровожадной злобы!
В делах внешней политики Правительница и Дума не уклонялись от системы Василиевой: любили мир и не страшились войны.