Присоединяя Уделы к Великому Княжению, Иоанн искоренял и все остатки сей несчастной для Государства системы. Ярославль уже давно зависел от Москвы, но его Князья еще имели особенные наследственные права, несогласные с единовластием: они добровольно уступили их Государю. Половина Ростова еще называлась отчиною тамошних Князей: они продали ее Великому Князю. Сим восстановилась целость северной Российской Державы, как была оная при Андрее Боголюбском или Всеволоде III. Усиленное сверх того подданством Новагорода и всех его обширных владений, также Уделов Муромского и некоторых Черниговских, Великое Княжение Московское было уже достойно имени Государства.
Новый блестящий успех прославил оружие Иоанново. Еще в 1478 году Царь Казанский, нарушив клятвенные обеты, воевал зимою область Вятскую, приступал к ее городам, опустошил села и вывел оттуда многих пленников, будучи обманут ложною вестию, что Иоанн разбит Новогородцами и сам четверт шел раненый в Москву. Великий Князь отмстил ему весною: Устюжане и Вятчане выжгли селения в окрестностях Камы; а Воевода Московский, Василий Образец, на берегах Волги: он доходил из Нижнего до самой Казани и приступил к городу; но страшная буря заставила его удалиться. Царь Ибрагим просил мира, заключил его и скоро умер, оставив многих детей от разных жен. Казань сделалась феатром несогласия и мятежа чиновников: одни хотели иметь Царем Магмет-Аминя, меньшего Ибрагимова сына, коего мать, именем Нурсалтан, Дочь Темирова, сочеталась вторым браком с Ханом Таврическим, Менгли-Гиреем; другие держали сторону Алегама, старшего сына, и с помощию Ногаев возвели его на престол, к неудовольствию Иоанна, который доброжелательствовал пасынку своего друга, Менгли-Гирея, знал ненависть Алегамову к России и сверх того опасался тесного союза Казани с Ногаями. Юный Магмет-Аминь приехал в Москву: Великий Князь дал ему в поместье Коширу и наблюдал все движения Алегамовы. Воеводы Московские стояли на границах; вступали иногда и в Казанскую землю. Царь мирился; нелюбимый подданными, обещал быть нам другом, обманывал и злодействовал. Наконец Иоанн, видя непримиримую его злобу, в Апреле 1487 года послал Магмет-Аминя и славного Даниила Холмского с сильною ратию к Казани. Маия 18 Холмский осадил ее; Июля 9 взял город и Царя. Сию радостную весть привез в Москву Князь Федор Ряполовский: Иоанн велел петь молебны, звонить в колокола и с умилением благодарил Небо, что Оно предало ему в руки Мамутеково Царство, где его отец, Василий Темный, лил слезы в неволе. Но мысль совершенно овладеть сим древним Болгарским Царством и присоединить оное к России еще не представлялась ему или казалась неблагоразумною: народ Веры Магометовой, духа ратного, беспокойного, нелегко мог быть обуздан властию Государя Христианского, и мы еще не имели всегдашнего, непременного войска, коему надлежало бы хранить страну завоеванную, обширную и многолюдную. Иоанн только назвался Государем Болгарии, но дал ей собственного Царя: Холмский его именем возвел Магмет-Аминя на престол, казнил некоторых знатных Уланов, или Князей, и прислал Алегама в Москву, где народ едва верил глазам своим, видя Царя Татарского пленником в нашей столице. Алегам с двумя женами был сослан в Вологду; а мать, братья и сестры его в Карголом на Белеозере.
Иосиф Волоцкий. Миниатюра XVI в.
Государь в то же время изъявил похвальную умеренность в случае важном для веры, в расколе столь бедственном, по выражению современника, Св. Иосифа Волоцкого, что благочестивая земля Русская не видала подобного соблазна от века Ольгина и Владимирова. Был в Киеве Жид именем Схариа, умом хитрый, языком острый: в 1470 году приехав в Новгород, он умел обольстить там двух Священников, Дионисия и Алексия; уверил их, что закон Моисеев есть единый Божественный; что история Спасителя выдумана; что Христос еще не родился; что не должно поклоняться иконам, и проч. Завелась Жидовская ересь. Внутренно отвергая святыню Христианства, Новогородские еретики соблюдали наружную пристойность, казались смиренными постниками, ревностными в исполнении всех обязанностей благочестия так, что Великий Князь в 1480 году взял Попов Алексия и Дионисия в Москву как Пастырей, отличных достоинствами: первый сделался Протоиереем храма Успенского, а второй Архангельского. С ними перешел туда и раскол, оставив корень в Новегороде. Алексий снискал особенную милость Государя, имел к нему свободный доступ и тайным своим учением прельстил Архимандрита Симоновского, Зосиму, Инока Захарию, Дьяка Великокняжеского Федора Курицына и других. Сам Государь, не подозревая ереси, слыхал от него речи двусмысленные, таинственные: в чем после каялся наедине Святому Иосифу. Между тем Алексий до конца жизни пользовался доверенностию Государя и, всегда хваля ему Зосиму, своего единомышленника, был главною виною того, что Иоанн, по смерти Митрополита Геронтия, возвел сего Архимандрита Симоновского [в 1490 году] на степень Первосвятителя.
Посольство Федора Курицына в Венгрию и Молдавию. 1482–1484 гг. Миниатюра из Летописного свода. XVI в.