С этого времени положение С. Я. Лурье обретает достаточную устойчивость, что немедленно сказалось и на его ученой деятельности. Начав печататься еще накануне мировой войны (первая публикация относится к 1913 г.) и, невзирая на все трудности, находя позднее способы каждый год выступать в печати с одной или двумя работами, он с 1924 г. стремительно расширяет круг своих научных занятий, резко увеличивает число ежегодных публикаций, доводя их в иные годы до десятка, и очень скоро вырастает в фигуру первой величины в новом советском антиковедении. После досадной интермедии на рубеже 20—30-х годов, когда преподавание истории было изгнано из университета, с восстановлением в 1934 г. правильной структуры исторических факультетов, а на них в Москве и Ленинграде — специальных кафедр древней истории, Лурье становится одним из ведущих преподавателей — историков древности в Ленинградском университете. В том же 1934 г. ему была присуждена ученая степень доктора исторических наук.
На 30-е и 40-е годы падает расцвет научной деятельности С. Я. Лурье, и в те же годы он становится одним из самых видных ленинградских профессоров — учителей науки. Огромная эрудиция и живость мысли, сообщавшие оригинальность и глубину его научным суждениям, большое педагогическое мастерство, с особым блеском проявлявшееся в практических, семинарских занятиях по древней истории и в преподавании древних языков и эпиграфики, привлекали к нему вдумчивую университетскую молодежь. Вокруг Лурье складывается целый круг учеников, которых он приобщал к высоким принципам не только научно-исследовательской работы, но и гражданского поведения и которые платили ему за это искренним восхищением и любовью. К этой главной плеяде «лурианцев» относятся те, кто в дальнейшем сами стали видными учеными-антиковедами, чьи имена и заслуги хорошо известны в ученом мире: И. Д. Амусин, позднее ставший архегетом советского кумрановедения, В. Г. Борухович, М. Н. Ботвинник, Л. М. Глускина, Б. Б. Маргулес, Е. А. Миллиор, Э. И. Соломоник, эти все сохранившие главное направление работ своего учителя, т. е. исследовавшие, как и он, главным образом проблемы древнегреческой истории.
Война и последовавшая эвакуация из Ленинграда прервали эту плодотворную деятельность. Впрочем и во время войны С. Я. Лурье не прекращал совершенно своих научных занятий и даже подготовил и защитил специальную диссертацию на степень доктора филологических наук (1943). С окончанием войны Лурье вновь — одна из центральных фигур на историческом факультете Ленинградского университета. Однако, как оказалось, ненадолго. Счастливо прошедший через полосы массового террора 20-х и 30-х годов, он, наконец, также оказался задет советской колесницей Джагернаута. В 1948—1949 гг., когда новое наступление на интеллигенцию, на этот раз сопряженное с самым низменным шовинизмом, выплеснулось в пресловутую борьбу с космополитизмом, Лурье, который и до того неоднократно попадал в трудные положения из-за своей человеческой и научной прямоты, стал объектом крутой тенденциозной проработки (тогда-то и был рассыпан набор второй части университетского курса «История Греции»), а с 1 июня 1949 г. он был уволен из Ленинградского университета «за несоответствие занимаемой должности».
Для ученого, к тому времени прочно вросшего в университетский быт, отлучение от его естественного очага обернулось тяжким испытанием. Поначалу совершенно невозможно было найти работу по специальности. Некоторое время (около года) С. Я. Лурье состоял младшим научным сотрудником Комиссии по истории физико-математических наук (ныне Институт истории естествознания и техники Российской Академии наук), куда он был определен по ходатайству тогдашнего президента Академии наук С. И. Вавилова. Формальным, впрочем весьма достаточным, основанием для этого послужила долголетняя работа Лурье по проблемам истории античной и средневековой науки, в том числе физики и математики, нашедшая отражение в многочисленных публикациях (о математических занятиях Протагора и Демокрита, о приближенных вычислениях в Древней Греции, о теории бесконечно малых у древних атомистов и др.). Но это не могло быть настоящим выходом из положения, и в 1950 г. Лурье в поисках работы по специальности пришлось оставить Ленинград. Он устроился на работу в Одессу, в местный Институт иностранных языков (1950—1952), а затем во Львов, где, наконец, вновь получил работу по своей основной специальности. С 1953 г. и до самой смерти (30 октября 1964 г.) он состоял профессором кафедры классической филологии Львовского университета, который стал для него, таким образом, новым, после Ленинградского, ученым пристанищем.