В русле Пражской школы функциональной лингвистики складывалась фонология как первая дисциплина, где был применён структурно-функциональный подход. Её создатель Н.С. Трубецкой, автор всемирон известного труда"Grundzuege der Phonologie" (1939) опирался на идеи И.А. Бодуэна де Куртенэ, Ф. де Соссюра, Л.В. Щербы, К. Бюлера/ Основные черты егофрнолггической концепции: разграничение фонологии и фонетики (параллельно соссюровскому разграничению языка и речи); разработка критериев (в основном функциональных) выделения и отождествления фонем; выдвижение понятия фонологической оппозиции; указание на разложимость фонемы на одновременно данные, нелинейные различительные признаки и определение фонемы как "пучка" различительных признаков; использование фонетических характеристик при описании дифференциальных признаков (что не допускалось дескриптивистами и глоссематиками); разработка типологии фонологических оппозиций; указание на нейтрализацию фонологических оппозиций в определённых позициях и постулирование архифонемы как единицы, объединяющей свойства нейтрализуемых фонем. Впоследствии понятия и методы структурного анализа, выработанные в фонологии, были перенесены на изучение морфологии (работы Р.О. Якобсона, В. Скалички, В. Матезиуса, Л. Новака). Р.О. Якобсоном были выдвинуты идеи о неравноправности членов морфологической корреляции (маркированность — немаркированность), о наличии единого семантического инварианта для каждого из членов морфологической категории, о непременной бинарности грамматических оппозиций и наибольшей адекватности дихотомических разбиений.
Серьёзный вклад был сделан пражцами в разработку понятия функциональной перспективы предложения, задаваемой актуальным членением, т.е. членением на тему и рему (В. Матезиус и др.). Основательно были разработаны функциональная стилистика и теория литературного языка, проведено разграничение понятий норма и кодификация (для объективно существующего в языке и для целенаправленной деятельности лингвиста).
Разработка традиций ПЛК была продолжена в послевоенной чехословацкой лингвистике на основе принципов марксизма-ленинизма (Ф. Данеш, Я. Фирбас, П. Сгалл и др.). Идеи ПЛК воздействовали на формирование и развитие французского структурно-функционального языкознания (А. Мартине, Л. Теньер, М. Мамудян) и вообще функциональной лингвистики, на деятельность советских языковедов и в целом на мировую лингвистику.
Оппозиционный анализ явился главным вкладом пражцев в методологию структурного анализа языка. Оппозиция понималась как лингвистически (семиологически или семиотически) существенное различие между единицами плана выражения, которому соответствует различие плана содержания (и наоборот), как специфического вида парадигматическое отношение (корреляция). Оппозиционный метод стал использоваться для идентификации (установления парадигматических границ) языковых единиц, для выявления дифференциальных признаков (и их наборов) в фонетической или семантической субстанции, отличающих данную единицу от противопоставляемых ей единиц, для установления системных связей между противопоставленными единицами.
Сопоставляются, как правило, члены одной пары единиц, обладающие частично общими признаками (основание для сравнения) и частично различительными (дифференциальными) признаками. Различаются оппозиции: а) одномерная и многомерная; б) изолированная и пропорциональная; в) привативная, градуальная (ступенчатая) и эквиполентная; в) постоянная и нейтрализуемая. Один из членов привативной оппозиции квалифицируется как немаркированный (беспризнаковый) и маркированный (признаковый).
Р. О. Якобсон стремился свести все оппозиции к бинарным; перенеся бинарный принцип из фонологии в морфологию (утверждение неравноправного статуса членов морфологической категории). Классические фонологические опыты пражцев получают продолжение в виде построенной позднее, в американский период деятельности Р.О. Якобсона, в сотрудничестве с Гуннаром Фантом и Моррисом Халле, дихотомической фонологии, в которой фундаментальной звуковой единицей объявляется дифференциальный признак и постулируется наличие универсального набора фонологических дифференциальных признаков. Оппозиционный метод, разработанный в фонологии и морфологии, становится базисом для формирования метода компонентного анализа в области структурной лексикологии и семантики. Компонентный анализ выступает по существу как частный вид оппозиционного анализа.