А. Шлайхер первым предпринимает попытки реконструкции индоевропейского праязыка. Эпохальное значение имеет его басня, написанная на гипотетическом праязыке. Дополнительно к "теории родословного древа", с которой прежде всего и связывают имя А. Шлайхера, он выдвигает идеи о географическом варьировании языков и о языковых контактах. Лингвистику ("глоттику") он квалифицирует как часть естественной истории человека, а филологию как науку историческую. В этом разделении уже заложено обсуждавшееся впоследствии Ф. де Соссюром различение "внутренней" и "внешней" лингвистики. Он хорошо понимает необходимость различать системное рассмотрение и историю языка, систему языка и его становление, развитие (что позднее воплотилось в соссюровском различении синхронии и диахронии).
А. Шлайхер внёс огромный вклад в разработку лингвистической типологии. Им в основном были сохранены все уже выделенные предшественниками типы и признаны пути развития языков от изоляции к флексии, в новых флективных языках он находит свидетельства их деградации. Языковые элементы делятся им на выражающие значения (корни) и выражающие отношения (суффиксы и флексии). Классификация языковых типов строится на основе взаимоотношений корневых и некорневых частей слова. Соответственно различаются корневые, агглютинативные и флективные классы языковых организмов. Языки определяются им как корневые при недифференцированном выражении понятия и отношения, как агглютинативные -при обособленном выражении понятия и отношения, как флективные — при тесном единстве выражения понятия и отношения. Флективный тип оценивается как наиболее совершенный. В каждом типологическом классе выделяются синтетический и аналитический подтипы. Им уже намечается скользящая типологическая классификация (сложивашаяся в 20 в. в работах Э. Сепира). Закладываются основы для разработки теории стадиальных трансформаций морфологических типов.
А. Шлайхеру принадлежат следующие основные труды, оказавшие большое влияние на современников: "Языки Европы в систематическом освещении" (1850), "Морфология церковнославянского языка" (1852), "Руководство по изучению литовского языка" (1855—1857), "О морфологии языка" (1859), "Компендиум сравнительной грамматики индоевропейских языков" (1861).
В последнем из названных трудов излагается принципиально новая концепция сравнительной грамматики индоевропейских языков по сравнению с грамматикой Ф. Боппа. Здесь предпринимается попытка реконструкции индоевропейского праязыка — более не отождествляемого с санскритом, но считающегося его идеализированной моделью — с опорой на уже открытые к тому времени фонетические законы. Прослеживается его развитие в каждом из разветвлений. Для целей наглядности используется (что уже имело место у предшественников, парежде всего в работах Э. Лотнера) схема родословного древа, иллюстрирующая идею последовательного распада первоначального единства на отдельные языки и диалекты. Одновременно А. Шлайхер подчёркивает необходимость учёта контактов соседствующих языков. Он указывает на наличие фактора языковой непрерывности при движении между двумя отдалёнными географическими пунктами. Преимущественное внимание он уделяет фонетической стороне языка и меньшее стороне морфологической. А. Шлайхер верит в нисходящее направление развития языка (упадок, деградацию) в исторический период).
Далее, среди трудов А. Шлайхера могут быть названы "Теория Дарвина и наука о языке" (1863; русский перевод: 1864), "Значение языка для естественной истории человека" (1865), "Немецкий язык" (1860; переработанное и расширенное издание после смерти автора: 1869). В последней книге он даёт наиболее полное изложение своих теоретических взглядов на материале германских языков. Важны его рассуждения о природе фонетических законов и о роли аналогии, о системной организации языка, о различении частных и всеобщих, универсальных звуковых законов, о противопоставлении литературного немецкого языка и диалектов как искусственного и естественных образований, о необходимости создания "диалектной карты Германии". Велик его интерес к физиологии звуков, которая легла впоследствии в основу физиологической фонетики.
Для последующей истории науки о языке были весьма важны следующие идеи А. Шлайхера: выдвижение и отстаивание принципа системности в историческом языкознании; указание на взаимодействие в развитии языка звуковых законов и изменений по аналогии; выработка строго метода реконструкции праязыка; развитие морфологической и генеалогической классификаций языков; указание на важность изучения взаимодействия языков в пространстве; привлечение внимания к физиологической и психофизиологической сторонам речевой деятельности.