Присущие классическому (немецкому) младограмматизму слабые стороны обусловили стремление или усовершенствовать младограмматическую технику лингвистического описания, или выдвинуть в противовес младограмматизму свои исследовательские программы. Младограмматиков характеризовали: боязнь теории и философии языка, широких теоретических обобщений; стремление ограничиться только индуктивным подходом и эмпирическими обобщениями; фактические несостоятельное индивидуально-психологическое понимание языка, приводившее к отрицанию реальности общего для данного народа языка, к объявлению общего языка научной фикцией; ограничение внутренней историей языка и недооценка связей истории языка с историей общества; атомизм, проявившийся в недостаточном учёте системной взаимообусловленности языковых явлений; невнимание к проблемам диалектного членения праязыка и вообще индоевропейских древностей; пренебрежительное отношение к описанию языка в более существенном для говорящего человека синхроническом плане.
.Критика слабых сторон младограмматизма велась в последние десятилетия 19 в. и в первые десятилетия 20 в. с разных методологических позиций в работах Г. Курциуса (ученика А. Шлайхера), И.А. Бодуэна де Куртенэ (создателя собственного направления в языкознании, провозгласившего приоритет синхронического подхода к языку над историческим), Хуго Шухардта (подвергшего резкой критике младограмматическое понимание фонетических законов и предложившего взамен теории распада индоевропейского праязыка теорию смешения и скрещивания языков, поставившего под сомнение целостность языка в географическом пространстве и говорившего о географической непрерывности языков и диалектов), Жюля Жильерона (одного из основоположников лингвистической географии, результаты которой ставили под сомнение тезис о наличии фиксированных границ между диалектами), Антуана Мейе (одного из представителей социологического направления во французском языкознании, искавшего причины языковых изменений в социальных факторах и видевшего в праязыке лишь гипотетическую систему соответствий между родственными языками), Карла Фосслера (последователя философии Бенедетто Кроче и основоположника эстетического направления в языкознании, осудившего увлечение младограмматиков фонетикой и их механицизм, предложившего поставить во главу лингвистического описания стилистику — исходя из признания решающей роли в языковых изменениях эстетического фактора и индивидуального поэтического творчества выдающихся личностей), итальянских неолингвистов Маттео Джулио Бартоли, Джулио Бертони, Витторе Пизани, Джулиано Бонфанте (не принявших утверждений о непреложности фонетических законов и в основном разделявших идеи Х. Шухардта, Б. Кроче, К. Фосслера и внёсших серьёзный вклад в развитие принципов и методов ареальной лингвистики), Ф. де Соссюра (создателя оригинальной лингвистической концепции, послужившей — наряду с идеями Ф.Ф. Фортунатова и И.А. Бодуэна де Куртенэ -теоретической и методологической основой поворота языкознания 20 в. к синхронизму), представителей немецкого неогумбольдтианства (Лео Вайсгербер и др.).
Многие последователи младограмматизма конца 19 — начала 20 вв. (Петер фон Брадке, Г. Хирт, Зигмунд Файст, А. Вальде, Маттеус Мух, Густав Коссина) предпринимали активные попытки заполнить пробелы, касающиеся соотношения современных индоевропейских языков в пространственном плане, с учётом достижений археологии (прародина индоевропейцев и их позднейшие миграции, промежуточные "прародины", границы распространения индоевропейского языка в разные хронологические периоды, основные этапы его расчленения).
Другие сторонники младограмматизма (Отто Шрадер, Буркард Вильгельм Лайст, Рудольф Мерингер) пытались дополнить внутреннюю историю индоевропейского праязыка внешней историей, реконструируя природные, социальные, культурные, бытовые формы жизни древних индоевропейцев и индоевропейских народов более поздних поколений, их мифологию, религию, правовые нормы. В русле младограмматизма продолжали появляться во множестве весьма дифференцированные исследования по вопросам фонетики, морфологии, словообразования, синтаксиса, а также этимологические словари основных древних и новых индоевропейских языков (Кристиан Корнелиус Уленбек, П. Хорн, В. Прельвиц, Эмиль Буазак, А. Вальде, Уитли Стокс, Альфред Хольдер, Гнут-Олоф Фальк и Альф Торп, Ф. Клуге, З. Файст, Эрих Бернекер, Александр Григорьевич Преображенский, Густав Майер).