Вокруг Ф.Ф. Фортунатова сложилась Московская (фортунатовская) лингвистическая школа. Его учениками были: в России — Алексей Александрович Шахматов (1864—1920), Григорий Константинович Ульянов (1859—1912), Вячеслав Николаевич Щепкин (1863—1920), Михаил Михайлович Покровский (1868 или 1869—1942), Борис Михайлович Ляпунов (1862—1943), Виктор Карлович Поржезинский (1870—1929), Александр Иванович Томсон (1860—1935), Дмитрий Николаевич Ушаков (1873—1942), Николай Николаевич Дурново (1876—1937), Степан Михайлович Кульбакин (1873—1941), Евгений Фёдорович Будде (1859—1929), Михаил Николаевич Петерсон (1885—1962), Александр Матвеевич Пешковский (1878—1933), Василий Михайлович Истрин (1865—1937); из зарубежных учёных — Олаф Брок, Торе Торнбьёрнссон, Хольгер Педерсен, Николас ван Вейк, Краузе ван дер Коп, Поль Буайе, Ф. Сольмсен, Эрих Бернекер, Александр Белич, Йоан Богдан, Иосиф Юлиус Миккола, Матиаш Мурко.
Эта школа внесла большой вклад в исследования в области реконструкции праславянского языка, присущих ему тенденций к палатализации и к открытому слогу, в области праславянской акцентологии, морфологии, этимологии, лексикологии. Они разграничивали буквы и звуки, графику, орфографию и орфоэпию. Ими создавались системные описания русских говоров и первые диалектологические карты восточнославянских языков. По инициативе А.А. Шахматова была образована Московская диалектологическая комиссия (1903—1931). В неё входили Н. Н. Дурново, Н.Н. Соколов, Д.Н. Ушаков, и она функционировала по существу в качестве лингвистического общества, объединявшего московских учёных и контактировавшего с Московским лингвистическим кружком. На её заседаниях выступали с докладами А.И. Соболевский, А.М. Селищев, Г.А. Ильинский, Н.Ф. Яковлев, Е.Д. Поливанов, Р.О. Шор, Р.И. Аванесов. Н.С. Трубецкой с опорой на учение Ф.Ф. Фортунатова об "общественных союзах" разграничил понятия языковых семей и языковых союзов.
Фортунатовцы строго разграничивали формы словоизменения и словообразования. Они многое сделали в разработке основ современной морфологии, заменившей "этимологию" с её зыбкими границами между современным и историческим словообразованием, между собственно этимологией и морфологией. Был заимствован бодуэновский термин морфема. Критерий морфологического строения слова использовался в типологической классификации языков, которой был придан динамический подход. Чисто генетический подход к реконструкции древнейшего состояния языка был заменён подходом генетико-типологическим. Получил развитие теоретический синтаксис (А.А. Шахматов, А.М. Пешковский, М.Н. Петерсон). Выделилась в самостоятельную дисциплину семасиология, исследующая законы семантических сдвигов с учётом системных связей — синонимии, места в семантическом поле, морфологического оформления (М.М. Покровский). Было принято противопоставление — вслед за И.А. Бодуэном де Куртенэ и Н.С. Трубецким — фонетики и фонологии. Наметилось разграничение сравнительно-исторической грамматики славянских языков и грамматики общеславянского языка, исторической грамматики и истории литературного языка. В научных исследованиях и университетском преподавании утверждался приоритет синхронического подхода к языку. Был создан ряд университетских курсов по введению в языкознание, продолжающих традицию фортунатовского курса сравнительного языковедения (А.И. Томсон, В.К. Поржезинский, Д.Н. Ушаков, А.А. Реформатский, О.С. Широков). Методы исследования, выработанные в фортунатовской школе, в нашей стране переносились в финно-угроведение, тюркологию, кавказоведение, германистику.
Фортунатовская школа представляла собой школу формальной лингвистики, которая способствовала закладыванию основ лингвистического структурализма. Её формализм заключался в стремлении исходить не из внешних по отношению к языку категорий логики, психологии, истории, физиологии, а из фактов самой языковой системы. Впоследствии многие представители этой школы отказывались от крайностей формализма фортунатовской школы. Эта школа оказала влияние на деятельность Московского лингвистического кружка (1915—1924), Пражской лингвистической школы, Копенгагенского лингвистического кружка, массачусетской ветви американского структурализма (Р.О. Якобсон).