Длительное время он находится в командировке в Ташкенте (изучение узбекского языка и всех его многочисленных диалектов; создание учебников русского языка для узбеков, таджиков и казахов; участие в работе по созданию новых алфавитов для тюркских народов; чтение лекций по общему и сравнительному языкознанию в университете и восточном институте в Ташкенте, собиравших большую аудиторию). В 1926—1929 он работает в ряде научных учреждений в Москве, где ведёт полемику с представителями фортунатовской формальной школы в языкознании.
Е.Д. Поливанов выступал как наиболее активный критик марризма, что повлекло за собой в условиях господствовавшего тогда тоталитаризма к трагической развязке. Первоначально он спокойно относился к выдвинутой Н.Я. Марром в 1922 и окончательно оформившейся в 1926 яфетидологии -стадиально-типологической теории яфетических языков как продуктов языкового скрещивания, в которой содержались и ценные идеи, и нелепые догадки об исторических связях языков. Н.Я. Марр произвольно возводил все языки к четырём первоначальным элементам — сал, бер, ён, рош. Но ученики и почитатели Н.Я. Марра возвели марровское учение в предмет культа и сделали его впоследствии (с конца 20-х гг. и вплоть до 1950) единственной официально признанной научной и политико-идеологической доктриной в советском языкознании. Е.Д. Поливанов критически выступил по поводу признания чувашского языка яфетическим. Серьёзная критика в адрес марристов была продолжена им в последующие годы в связи с выдвижением ими "нового учения о языке" (прежде именовавшейся яфетидологией) на роль единственно верной диалектико-материалистической марксистской лингвистики. Положительно оценивая достижения Н.Я. Марра в сравнительно-историческом изучении южнокавказских языков, он категорически не принимал и яфетическую теорию в силу её необоснованности языковыми фактами, и новые глоттогонические идеи и стадиальную теорию Н.Я. Марра, привязывающую типы языков к определённой социально-экономической формации. Он выдвинул своё понимание (тоже в духе марксистской идеологии) социальной природы языка и роли социального фактора в развитии языка.
В эти годы и началась травля Е.Д. Поливанова (а заодно с ним многих представителей фортунатовского и бодуэновско-щербовского направлений) сторонниками Н.Я. Марра — В.Г. Аптекарем, С.Н. Быковского, Ф.П. Филина. Последовало изгнание его в Среднюю Азию (там он продолжил занятия тюркскими языками и преподавание; участвовал в многочисленных диалектологических экспедициях). Постепенно его лишали возможностей печататься. Были утрачены в связи с этим многие неопубликованные труды. Последовал арест его как "врага народа" (1937) и расстрел (1938). Полная политическая реабилитация была объявлена в 1963. И сегодня сохраняют свою актуальность многие идеи Е.Д. Поливанова, касающиеся методов сравнительно-исторического анализа, теории эволюции языка и роли в этом процессе социальных факторов, структуры и задач социальной лингвистики, лингвистической поэтики, прикладной лингвистики.
В русле бодуэновско-щербовского направления складывается и развивается Ленинградская / Петербургская фонологическая школа. Начиная с 1912, ученик И.А. Бодуэна де Куртенэ Л. В. Щерба разрабатывает развёрнутое учение о фонеме как минимальном элементе слова, связанном со смыслом. Известно длительное противостояние щербовской и Московской фонологических школ. Щербовская школа преимущественно ориентируется на учёт человеческого фактора в языке, раскрывающегося через призму психологизма и социологизма, в то время как Московскую школу характеризует заметная ориентация на формальный, имманентно-структуралистский подход.