Но Шахрух видов на Самарканд так и не оставил. Его главным агентом был Худайдада, который угрожал Самарканду с севера. Из-за этого Халиль не мог отправить войско на Шахруха, не мог и отправить войско в нужном количестве на север. Существование «двух фронтов» вело к ослаблению силы Самарканда, что Шахруху и было необходимо. Помогло ему неожиданно и то, что в Самарканде стало много недовольных. Во-первых, в городе начались голодные дни. Из-за присутствия большой военной силы продовольствия не хватало. Во-вторых, политика, которую вел Халиль, многих раздражала. Особенно были недовольны тем, что к решению государственных дел была допущена любимая жена Халиль Султана Шад-Мульк. Она приближала ко двору людей низкого звания, но наибольший гнев вызвала тем, что приказала бывших жен Тимура выдать замуж за военачальников. Для последних это было честью, для первых — неслыханным унижением. Так что совсем неудивительно, что при дворе Шад-Мульк не любили, а не любя ее, стали соответствующим образом относиться и к Халиль султану. Тому, впрочем, было совсем не до «постельного вопроса» Шад-Мульк, с севера на него шел Худайдада, так что Халилю пришлось срочно идти с войском ему навстречу.
Весной 1409 года Худайдада взял в плен и самого Халиля, и его жену. А далее начался торг между Шахрухом и Худайдадом. Тот предлагал отдать Шахруху и Халиля и Шад-Мульк в обмен на передачу права на Мавераннахр Мухаммеду Джехангиру. Джехангир вместе с другими царевичами ожидал Шахруха в Джаме. О характере договора с Худайдадой можно лишь догадываться: Шад-Мульк он отдал, но Халиля «удержал», уходя из Самарканда. Наверно, это Шахруха волновало мало. 13 мая он торжественно вступил в Самарканд.
«Таким образом, — пишет Бартольд, — столица без пролития крови перешла во власть Шахруха, как четырьмя годами раньше во власть Халиль-Султана; но на этот раз победитель не был склонен проявлять великодушие. Одинаково жестокой расправе подверглись представители обеих враждовавших между собой партий, царицы и эмиров. Аллахдад и Аргун-шах были подвергнуты пытке (от них требовали выдачи денег, принадлежавших казне) и потом казнены; казни подвергся также один из представителей гражданского управления, ходжа Юнус Семнани. Царицу Шад-Мульк также пытали, потом с позором провезли по городским базарам. Баба-Турмуш, также подвергнутый жестоким пыткам, однажды, когда стража вела его в цепях мимо большого хауза [52], вырвался из рук стражи, бросился в хауз и утонул».
По уровню жестокости Шахрух был достойным сыном своего отца. Но спустя год он оставил Самарканд, назначив Улугбека правителем под опекой Шахмелика. Итак, в Герате сидел теперь Шахрух, в Самарканде — Улугбек.
Худайдада, захватив Халиля, требовал от Шахруха такой размен: он отдаст «Халиля, если Шахрух отдаст ему Нурад-дина, но последний был в Отраре и его Шахрух никак не мог выдать. Один сын Худайдады сторожил Халиля в Фергане, другой засел в Шахрухии, сам Худайдада вел переговоры с монголами, но те военной помощи не подали, разве что прислали „царские“ подарки Халиль Султану. Шахрух послал несколько отрядов на Худайдаду, больше всего боясь его союза с монголами. Шахмелик обложил Алла-кух и заставил крепость сдаться, взамен Халиля должны были выдать в Самарканд. Халиль вместо того, чтобы идти в Самарканд, ушел в Отрар, где его уже поджидал Нураддин. А Худайдада, надеясь „играть“ Халилем и дальше, отправился к монголам, но ему не повезло. Монголы его убили, а голову прислали в подарок Шахруху. Сам Халиль заключил с Шахрухом договор, по которому не претендовал на Самарканд, но ему был выделен Рей и возвращена любимая жена. Впрочем, дни Халиля были короткими: он умер спустя два года — в 1411 году. Шад-Мульк, не вынеся разлуки с любимым, предпочла совершить самоубийство. Так завершилось это противостояние.