Подчинение ВСЕХБ предписаниям советских властей повело к сокращению численности крещаемых и даже к распаду некоторых общин. С 1944 по 1965 гг. только на Украине закрылись более 800 общин и численность баптистов сократилась с 180.000 до 120.000 человек. В Эстонии и Латвии в 1957-1959 гг. баптисты окрестили 1246 человек, а в 1960-1962 гг. - только 195. За эти три года там закрылись 14 общин. [5] Примерно такое же положение было по всей стране. Церковь ЕХБ переживала глубокий духовный кризис.
Однако насаждение «Нового положения» и «Инструктивного письма» как руководящих документов оказалось переоценкой возможностей ВСЕХБ.
«Инструктивное письмо» было секретным, оно предназначалось лишь для старших пресвитеров, но его не удалось утаить от рядовых членов общин. Оно вызвало общее возмущение и стало толчком к сопротивлению массы верующих баптистов церковному руководству, покорному властям. Началось возрождение церкви ЕХБ.
Смысл этого возрождения был в очищении религиозного служения от искажений, привнесенных давлением властей, ВСЕХБ и его сторонников. Эта борьба внутри баптистской церкви по сути была не догматической, а гражданской; расхождение было только по вопросу о взаимоотношениях между церковью и светской властью.
Сторонники самостоятельности церкви ЕХБ вели борьбу с церковными и светскими властями за свободу, ссылаясь и на Евангелие и на зафиксированное в конституции право на свободу вероисповедания. Изложу кратко основные события этой борьбы.
Несколько влиятельных баптистов - А.Ф. Прокофьев, Г.К. Крючков, Г.П. Винс и др. получили доступ к «Инструктивному письму». Они восприняли его как свидетельство вероотступничества ВСЕХБ и сочли для себя невозможным бездействовать. В мае 1960 г. они объединились в Инициативную группу, и в качестве таковой обратились к ВСЕХБ с посланием, в котором обвиняли его в нарушении важнейшего евангельского принципа, запрещающего отдавать «кесарю» - «Богово». Инициативная группа призвала членов ВСЕХБ к покаянию перед единоверцами. ВСЕХБ не ответил на послание. [6] Тогда члены Инициативной группы размножили текст «Инструктивного письма» и разослали его по общинам (и зарегистрированным и нерегистрированным), сопроводив его своим обращением, в котором разъясняли смысл «Нового положения» и «Инструктивного письма». Поскольку члены ВСЕХБ отказались покаяться и отменить эти документы, Инициативная группа призвала верующих ЕХБ обратиться к властям с просьбой о разрешении провести съезд (которого не было с 1926 г.) для отмены «Положения» и «Инструктивного письма» и для решения о руководстве церковью в будущем: Инициативная группа считала необходимым переизбрать ВСЕХБ. Инициативная группа предлагала добиваться, чтобы съезд представил все баптистские общины в СССР - как зарегистрированные, так и незарегистрированные. [7] Позже основатели Инициативной группы признавались, что создание этой группы было скорее эмоциональным, чем рассчитанным на успех шагом. Они полагали, что не позднее чем через месяц после объявления о создании Группы они будут арестованы, ничего не добившись. [8] Однако их призыв к очищению пробудил многие общины от долголетней апатии. Мощная поддержка верующих удержала власти от немедленного ареста членов Инициативной группы (был арестован лишь А.Ф. Прокофьев - в 1962 г.). Не только Инициативная группа, но и рядовые баптисты - и по отдельности, и целыми общинами стали писать в Совет по ДРК, требуя разрешить им проведение съезда. ВСЕХБ, противясь съезду, стал отлучать от церкви активных поборников этой идеи и даже способствовать их арестам. Члены ВСЕХБ утверждали, что идти против «Нового положения» и «Инструктивного письма» значит идти против власти. В течение 1960-1963 гг., в период наиболее напряженной борьбы за съезд, были арестованы около 200 активных «инициативников», однако это не ослабило, а укрепило их движение.
Опора на силу светской власти во внутрицерковном споре ускорила падение авторитета ВСЕХБ. Одна за другой общины отказывались признавать его руководство, отлучали членов ВСЕХБ от церкви, не хотели участвовать совместно с ними в обряде хлебопреломления и все настойчивее требовали съезда. 25 февраля 1962 г. Инициативная группа была преобразована в Оргкомитет по созыву всесоюзного съезда ЕХБ. [9]
Члены Оргкомитета вели переговоры с ВСЕХБ и Советом по ДРК, неустанно обращались к правительству с открытыми письмами. Копии этих писем они распространяли по общинам. Оргкомитет стал выпускать «Братский листок», в котором постоянно разъяснялись требования Оргкомитета, их законность с юридической точки зрения и справедливость - с догматической.