В 1590 г. Акбар послал своего воспитанника Абд-ур Рахима, сына Байрам-хана, завоевать Тхатту (Синд). Бывший правитель Тхатты стал одним из придворных Акбара. В 1592 г. была захвачена и присоединена к бенгальской области Орисса, а в 1595 г. завоеван Белуджистан и отнят у Персии Кандагар. Одновременно могольские армии стали вторгаться в Декан. С 1583 г. они начали осаждать Ахмаднагар, столицу одноименного княжества, наиболее слабого из деканских султанатов, пока правитель Ахмаднагара в 1599 г. не признал себя вассалом Моголов. Большая часть его территории, включая Доулатабад, была включена в Могольокую империю. После этого могольские войска под командованием самого Акбара два года осаждали Асиргарх, сильнейшую крепость отделившегося раньше от Ахмаднагара независимого княжества Хандеш. В январе 1601 г. крепость сдалась. В этих войнах проявилась слабость могольской армии — результат упадка боевого духа военачальников. Они, привыкнув к роскоши, везли за собой огромный обоз личного имущества, стеснявший маневренность армии, и больше думали о пирах, чем о ратных подвигах.
В 1605 г. умер Акбар. На престол взошел Салим, его сын, под именем Джахангира. В последние годы жизни Акбара Салим поднял бунт против отца и обосновался в Аллахабаде. Столицей Салима осталась Агра.
Правление Джахангира
Воцарение Джахангира в начале XVII в. бы то отмечено некоторым отходом от политики веротерпимости, провозглашенной Акбаром. Это вызвало недовольство большинства джагирдаров-индусов и части мусульман. Вскоре старший сын Джахангира — Хусру бежал в Пенджаб и поднял там восстание. Его поддержал деньгами пятый гуру сикхов Арджан. Но войска Хусру были разбиты, сторонники его казнены, а сам он ослеплен. Джахангир наложит на Арджана крупный штраф, а когда тот отказался платить, казнил и его. С этого времени сикхи стали активно выступать против власти Моголов.
Джахангир стремился подчинить те части Индии, которыми не смог овладеть его отец. Раджпутам Мевара в 1614 г. пришлось сдаться армиям Моголов, и престолонаследник раджи Мевара был доставлен ко двору Джахангира. Последний его обласкал и богато одарил, стремясь таким образом привлечь на свою сторону и других независимых правителей.
Вторжение могольских войск в Ассам закончилось крупным поражением и гибелью могольской армии. Уничтожен был и речной флот Моголов. Зато осада пенджабской крепости Кангра (от которой отступили в свое время войска Акбара), начатая в 1615 г., привела к тому, что через пять лет осажденные индусы сдались. Джахангир отпраздновал это событие как великую победу и велел заложить в крепости мечеть.
Последней победой Джахангира на севере Индии было покорение в 1622 г. Киштвара — небольшого княжества в Кашмире.
Джахангир не раз сталкивался с португальцами, нападавшими на могольские корабли. В результате могольский падишах стал поддерживать соперников португальцев — англичан и голландцев, которые как раз к этому времени появились в Индийском океане. Голландские и английские купцы в отличие от португальских стремились проникнуть в глубь Индии и основали свои фактории в Агре, Дакке, Патне и других центрах ремесленного производства. Английский король Яков I отправил даже к могольскому двору своего посла Томаса Ро с целью получения привилегий для английских купцов. Томас Ро пробыл при дворе Джахангира три года (1615–1018 гг.), оставив подробный дневник о своей жизни в Индии.
Хотя Бенгалия была завоевана еще при Акбаре, власть Моголов над этой окраиной империи те была достаточно прочной. Бенгальские заминдары и джагирдары стремились явочным порядком превратить свои владения в независимые княжества. Процесс покорения бенгальских заминдаров длился с 1608 по 1612 г. Вождей бенгальских заминдаров Муса-хана и Усман-хана до сих пор почитают в Индии как борцов за независимость Бенгалии.
В Бенгалии с ее развитой торговлей и ремеслом, с труднодоступными горными округами раньше, чем в остальных частях империи, стали развиваться отношения субвассалитета. Могольский наместник и крупные военачальники распоряжались завоеванной ими территорией как собственным владением, раздавали джагиры, назначали сборщиков налогов и других представителей власти на местах, отдавали земли ха-лиса на откуп. В Бенгалии получило развитие совмещение нескольких должностей в одном лице. Наместники Бенгалии фактически действовали независимо. Когда Джахангир за беззакония отстранил бенгальского наместника от должности, тот укрепился в крепости близ Дакки, и только войско смогло выбить его оттуда.