В начале XIX в. Карнатик из зависимого княжества превратился в частное владение Компании. Поэтому долги кредиторам должны были отныне уплачиваться уже Компанией, а не навабом. Тогда английский парламент назначил тщательное расследование достоверности ссуд, в результате чего были признаны подлежащими оплате только 1,3 млн. ф. ст., а 19 млн. ф. ст. признаны мошенническими или необоснованными претензиями. «И когда через 20 лет (в 1805 т.) последний из старых долгов был оплачен, оказалось, как и следовало ожидать, что за это время
После падения Майсура борьба индийского народа стала проявляться лишь в виде отдельных, сравнительно легко подавляемых выступлений. Даже жители областей, сотрудничавшие с англичанами прежде и видевшие в них избавителей, попав под их власть, восставали против притеснений. Типичным примером в этом отношении были Кург и Траванкур.
После того как Кург отошел к англичанам по Серингапатамскому договору 1792 г., туда стали возвращаться бежавшие землевладельцы (наиры и намбудири) и сгонять со своих участков мопла, которые заняли эти земли как ипотекодержатели или же были переселены туда Типу Султаном. Английские власти одобряли их действия, надеясь разжечь таким путем индусо-мусульманокую рознь. Компания к тому же повысила земельный налог и стала сдавать его сбор ежегодно на откуп различным крупным феодалам.
В 1793 г. соглашение о сдаче налогов на откуп было заключено не с вождем наиров Варма Раджей, который на это претендовал, а с его дядей. Этого было достаточно, чтобы Варма Раджа стал во главе сопротивления англичанам. Восставшие изгнали английских сборщиков налога. Компания неоднократно высылала против восставших свои войска, но густые заросли джунглей, где прятались повстанцы, надежно укрывали их от англичан. В 1797 г. кургцам удалось заманить в засаду и разбить крупный — в 1100 человек — отряд английских сипаев. Тогда Компания подкупила Варма Раджу за ежегодную пенсию в 8 тыс. рупий, и он отошел от движения. Другие вожди восставших продолжали борьбу, но им пришлось прятаться в лесах и ограничиваться отдельными налетами на английские отряды и коммуникации.
В 1800 г. восстание вспыхнуло снова, и Варма Раджа опять возглавил его. На этот раз английскими войсками командовал один из способных английских военачальников, Артур Уэлсли, будущий герцог Веллингтон. В 1802 г. все вожди восставших были пойманы и повешены. Англичане, считая сопротивление окончательно подавленным, провели резкое повышение земельного налога и ввели невыгодный для земледельцев метод пересчета натурального налога на денежный. Крестьяне ответили на это новым восстанием. Главными участниками его на этот раз были земледельцы одного района Курга. Они штурмом взяли крупный английский форт Панамарам, истребив его гарнизон. Затем захватили горные проходы и, нападая на английские коммуникации, зажгли пожар восстания по всей округе, вплоть до самого побережья. Английским властям пришлось пойти на уступки: земельный налог был восстановлен в прежних размерах и удовлетворены еще некоторые требования крестьян. Только в 1805 г. колонизаторам удалось подавить восстание. В решающем бою полегла основная часть повстанцев.
Наконец в 1812 г., в связи с окончательным переводом всего натурального земельного налога в денежный, произошло еще одно восстание в тех же районах. Но переброшенные с Малабарского побережья войска быстро подавили движение.
Аналогичным было положение в Траванкуре. Там борьбу против английских притеснителей в 1808 т. возглавил далаваи (главный министр) Велу Тхампи, создавший повстанческую армию в 30 тыс. человек с 18 пушками. К траванкурцам примкнули жители Кочина. Однако английские власти располагали крупными военными силами. В двух решающих битвах восставшие были разбиты, и Велу Тхампи, увидев гибель своего дела, покончил жизнь самоубийством. Английское командование подавило это восстание с такой жестокостью, что даже вызвало осуждение руководителей Ост-Индской компании.
В Индии оставались непокоренными лишь государство сикхов в далеком Пенджабе и маратхские княжества. После завоевания Майсура (чему в некоторой мере помогли сами маратхи) англичане смогли бросить все свои войска против маратхских княжеств. Растеряв своих потенциальных союзников, маратхи не могли устоять против грозного противника. Таким образом, гибель Типу была по существу предвестником их собственной гибели.