Кризис Компании сопровождался дальнейшим распространением коррупции, обострением борьбы разных фракций олигархии за долю прибылей. «Патриоты» предлагали ликвидировать ОИК, однако «оранжисты» при поддержке стадхоудера ограничивались направлением в колонии инспекционных комиссий и другими полумерами. В 1785 г., опираясь на помощь Франции, «патриоты» подняли восстание и изгнали Виллема V. Однако два года спустя в результате английской и прусской вооруженной интервенции он был восстановлен на троне. Стадхоудер подверг жестоким репрессиям «патриотов», 40 тыс. которых бежали в предреволюционную Францию. К этому времени Компания полностью утратила кредитоспособность. Новая комиссия по делам ОИК во главе с Недербюргом, принадлежавшим к одной из олигархических клик, саботировала любые реформы.
В 1793 г. Нидерланды вступили в войну с Францией. Бежавшие из Голландии «патриоты» сформировали в революционной Франции Батавский легион, который участвовал в наступлении французских войск в Нидерландах. Их победа привела к учреждению Батавской республики под французским протекторатом (февраль 1795 г.), немедленно объявившей войну Британии. Династия Оранских пала. Виллем V вместе с семьей и ближайшим окружением бежал в Лондон. Он немедленно разослал в колонии инструкцию, предписывающую подчиниться англичанам, чтобы не стать добычей Франции. Британия вскоре без боя захватила Малакку и Амбон. Однако генерал-губернатор ОИК отказался сдать англичанам Яву, как, впрочем, и подчиниться Батавской республике, и занял выжидательную позицию. Англии же не хватало времени и сил, чтобы начать вторжение на Яву. Так индонезийские колонии ОИК вступили в полосу полунезависимого существования.
Приход к власти в Гааге представителей промышленной буржуазии ускорил крах ОИК. 24 декабря 1795 г. был ликвидирован Совет директоров и взамен создан государственный Комитет по делам ОстИндской торговли и владений. По его инициативе
Как свидетельствуют источники, появление и экспансия голландцев в Нусантаре воспринимались индонезийцами-современниками как очередное вторжение внешней силы, подобное индийскому, сиамскому, монгольскому, португальскому, а не как нечто необратимое. Следовательно, оставалась надежда на устранение этой силы. Борьба ОИК за утверждение торговой монополии на пряности также не рассматривалась как принципиально новое явление. Реальность опрокинула эти представления. В отличие от индийцев древности, арабов и гуджаратцев средневековья, голландцы, осев в Нусантаре, не ассимилировались традиционным местным обществом. Купеческая христианская колония ОИК оставалась чужеродным телом, повинующимся законам развития иной общественной формации, иной культурной модели. Она в возрастающих масштабах привязывала Индонезию к складывающемуся мировому капиталистическому рынку. При этом, однако, ценные экспортные продукты Нусантары мобилизовывались докапиталистическими методами (выше уже говорилось о контингентах и леференсиях) и превращались в товар уже вне территории Индонезии.
Распространенное в современной Индонезии представление о 350-летнем периоде господства Голландии в Нусантаре не выдерживает критики. На большинстве островов — Суматре, Калимантане, Нусатенггаре и Сулавеси (кроме Макассара) — присутствие европейских анклавов до середины — конца XIX в. едва ли оказывало существенное воздействие на традиционный образ жизни населения; на Яве, в зоне прямого управления ОИК, серьезное воздействие европейцев