Преследование катаров в Орлеане в 1017 г. было делом не Церкви, а короля Роберта Благочестивого; позднее были зажжены костры в Милане народом даже против воли архиепископа. В X-XI вв. и даже в начале XII в. отношение Церкви к ереси было колеблющимся: то строго преследовали еретиков, то относились к ним снисходительно; все зависело от характера прелата, ведшего дело. Около 1145 г. св. Бернар заявил, что светская власть обязана мстить за оскорбления, наносимые Богу ересью. Но папа Александр III в 1162 г. отказался судить присланных к нему реймсским архиепископом катаров, сказав, что лучше простить виновных, чем предать смерти невинных.
Таким же неопределенным был взгляд, каким наказаниям подвергать еретиков: их то сжигали живыми, то приговаривали к тюремному заключению. Даже в 1163 г. Александр III, стараясь на Турском соборе остановить грозные успехи манихейства в Лангедоке, предложил светским князьям только заключать еретиков в тюрьму, а их имущество конфисковать; однако в Кельне в том же году катары были приговорены к сожжению на костре специально посланными судьями. В 1157 г. Реймсский, а в 1166 г. и Оксфордский соборы постановили клеймить еретикам лица раскаленным железом. Первые мероприятия Иннокентия III против альбигойцев в 1199 г. ограничивались изгнанием и конфискацией; да и эти наказания могли заменяться паломничеством к святыням Рима или Компостелло.
Но по мере того, как разгоралась борьба с ересью, наказания становились более жестокими; однако даже Симон де Монфор в кодексе от 1 декабря 1212г. не присуждает еще еретиков к сожжению, хотя в этом же году в Страсбурге было сожжено восемьдесят еретиков. Петр II Арагонский первый ввел в свод законов эдиктом 1197 г. эту форму наказания. Оттон IV в своей конституции 1210 г. ограничивает наказание еретиков изгнанием их из империи, конфискацией их имущества и разрушением их домов. Фридрих II в своем статуте 22 ноября 1220 г. ограничился конфискацией имущества и признанием еретиков вне закона. Однако уже в своей конституции 1224 г. он постановил предавать еретика смертной казни или сожжением, или вырыванием языка, а в Сицилийской конституции 1231 г. Фридрих сделал обязательным сожжение на костре. Равеннский эдикт, изданный в марте 1232 г., определяет смертную казнь за принадлежность к ереси, но не указывает ее вида; зато Кремонский эдикт, изданный в мае 1238 г., распространил сицилийский закон на всю империю. Позднее такое же постановление появилось в Швабском и в Саксонском зерцалах, в муниципальных законах Северной и Южной Германии. В Венеции с 1249 г. дож, вступая в управление, давал присягу сжигать всех еретиков. В1256 г. кастильский король Альфонс Мудрый назначил сожжение на костре за переход из христианства в магометанство или иудейство. Во Франции только в 1270 г. в «Установлениях» Людовика Святого появилась статья, осуждавшая еретиков на сожжение живыми. В Англии, которая почти не знала ереси, статья «О сожжении еретиков» была установлена статутом только в 1401г.
Декрет Луция III, предписавший отдавать еретиков в руки светской власти для наложения на них наказания, ссылается на текст из Евангелия от Иоанна: «Кто не пребудет во мне, извергнется вон, как ветвь, и засохнет; а такие ветви собирают и бросают в огонь; и они сгорают», а также на императорское законодательство и заключает, что смерть на костре является наказанием, вполне подходящим еретикам, «согласным с божескими и человеческими законами, а также с общепринятой практикой». Люди, посвятившие свою жизнь служению инквизиции, категорически заявляют, что виновный должен быть сожжен живым в присутствии народа; что можно сжечь население целого города, если он является притоном еретиков.
В то же примерно время, когда тысячи людей были преданы смерти в Лангедоке, Латеранский собор 1216 г. запрещал духовным лицам произносить смертные приговоры или присутствовать при казнях. В 1255 г. собор в Бордо запретил им даже писать или диктовать бумаги, относящиеся к смертным приговорам. При преследовании ереси духовный суд не выносил смертных приговоров; он ограничивался признанием обвиненного еретиком, после чего он его отпускал, т. е. предавал в руки светской власти, лицемерно при этом заклиная ее отнестись к нему снисходительно, пощадить его жизнь и не проливать его крови. Тем не менее инквизиторы облекли в форму закона, что всякий, даже только подозреваемый в недостаточно энергичном преследовании еретиков, сам совершал преступление, равное ереси, и заслуживал такого же наказания.