Фома Аквинский и францисканец Бонавентура возражали на эти нападки. Первый в трактате «Против осквернения религии» доказал, что братья имели право поучать, проповедовать, исповедовать и жить, не работая; он опроверг обвинения, направленные против их нравственности. Он доказывал, что они имели право бороться с клевещущими на них, искать защиту в судах и даже охранять себя оружием и карать своих преследователей. Бонавентура в своем трактате «О чистоте христианства» утверждал, что пример Христа является решительным доказательством в пользу бедности и нищеты, а в своих «Апологетическом памфлете» и «Рассуждениях о том, как отзываются о младших братьях» он откровенно и энергично раскрыл недостатки, пороки, грехи, разврат и упадок белого духовенства.
Булла «Римский епископ» объявила 5 октября 1256 г., что книга лидера университета Вильгельма де Сент-Амура «Об опасностях нового времени» полна лжи, обмана и соблазна, гнусна и зла. Было приказано сжечь ее перед курией и перед университетом; все экземпляры должны были быть доставлены и уничтожены в течение недели, и всякий, кто стал бы защищать изложенное в книге, приравнивался к мятежникам. Посланные Людовиком Святым и университетом делегаты были принуждены подписаться под этим решением и признать за нищенствующими право проповедовать, исповедовать и жить милостыней на счет других. Отказался подписаться один только Вильгельм. Александр предложил всем профессорам и проповедникам воздерживаться от нападок на нищенствующих под угрозой потери своих бенефиций.
Победа нищенствующих монахов была полная. Университет смирился перед папой, и только один Вильгельм де Сент-Амур ни в чем не уступал, ни от чего не отказывался. В августе 1257 г. папа Александр запретил ему возвращаться во Францию из Рима и навсегда запретил проповедовать. Папа просил Людовика Святого закрыть мятежному богослову въезд в пределы королевства. Последним актом этой ссоры было послание папы Александра от 3 декабря 1260 г., уполномочивавшее парижского епископа дать отпущение всем, у кого имелись сочинения Вильгельма, с условием, чтобы они выдали их на сожжение. Вильгельм умер в 1272 г. и был погребен в своей родной деревне Сент-Амур.
Захват нищенствующими монахами всего в свои руки возбудил против них общую и глубокую вражду всего духовенства, которое боялось не только за свои привилегии, за свои богатства и за свой авторитет, но понимало также, что новая папская милиция окончательно подчинит его Риму и лишит его последней независимости. Если уж сам Парижский университет, опирающийся на симпатии прелатов всего христианского мира, потерпел неудачу, то другим нечего было рассчитывать на успех; надо было склониться перед этими пришельцами, о которых папа говорил, что они – «золотые фиалы, наполненные сладким благоуханием».
Однако булла Климента IV от 1268 г., запрещающая архиепископам и епископам рассуждать о привилегиях, предоставленных нищенствующим, показывает, что вражда не угасла. В Леоне и в Галисии собрание епископов и аббатов отмечает в 1283 г. как одну из обязанностей их союза борьбу против усиления доминиканцев и францисканцев и против несправедливостей, наносимых ими монастырям и белому духовенству.
В 1323 г. Иоанн XXII признал еретическим учение Иоан на де Пуальи, утверждавшего, что исповедь у братьев не имеет никакого значения и что всякий должен исповедоваться только у своего приходского священника.
В 1351 г. духовенство снова поднялось против нищенствующих. К папе Клименту VI явилась депутация кардиналов, епископов и священников, прося его или уничтожить нищенствующие ордены, или хотя бы сократить их привилегии: они просили папу запретить нищенствующим проповедовать и исповедовать и брать деньги за похороны. Но папа заявил депутации: «Если вы заставите их замолчать, то о чем сами-то вы будете говорить народу? О смирении? Но ведь вы – первые гордецы, вы высокомерны и гонитесь за внешним блеском! О бедности? Но ведь вы так жадны до денег, что вам мало было бы церковных доходов всего мира! О целомудрии?… Но об этом я лучше уж помолчу… Коли пошло на правду, то нечего вам жаловаться, что нищенствующие получают часть имущества тех покойников, которых они напутствовали на смертном одре в то время, как вы позорно бежали; нечего плакаться, что они тратят эти деньги на сооружения, служащие только во славу Бога и Церкви, а не мотают их на кутежи и удовольствия. И обвиняете вы нищенствующих только потому, что не живете так, как они, что большинство из вас ведет жизнь суетную и пустую».