Из Лиона вальденская ересь распространилась по всей Франции. Во Франш-Контэ граф Бургундский просил в 1248 г. Иннокентия IV ввести инквизицию, так как там появилось много вальденцев после прекращения деятельности святого трибунала в 1257 г. В 1251 г. нарбоннский архиепископ осудил вальденцев на пожизненное тюремное заключение. В большинстве вальденцы были простые жители гор, у которых нечего было конфисковать, и гораздо выгоднее было преследовать богатых катаров. Правда, с 1271 по 1274 г. каркассонский сенешаль побуждал инквизиторов энергичнее действовать против вальденцев, и тогда число обвинений значительно увеличилось; но между прибрежными общинами Роны, общинами многолюдными, инквизиция была введена сравнительно поздно: в графстве Венессен только в 1288 г., в Дофинэ в 1292 г., когда распространение ереси приняло угрожающие размеры. В 1288 г. отмечают также рост не католического населения в провинциях Арля, Э и Эмбрена: Николай IV послал в этом году дворянам и магистратам этих провинций эдикты Фридриха II с приказанием строго применять их, а инквизиторы получили от него правила судопроизводства. На аутодафе 1316 г. тулузский инквизитор Бернар Ги присудил к пожизненному тюремному заключению одного вальденца, а другого сжег как не раскаявшегося еретика. На ауто 1314 г. восемнадцать вальденцев были осуждены на паломничества, причем некоторым нашили кресты; двадцать шесть были приговорены к пожизненному тюремному заключению, и трое сожжены. На ауто 1321 г. были сожжены муж и жена, отказавшиеся отречься от заблуждений. На ауто 1322 г. восемь человек были осуждены на паломничества, причем пятерым из них нашили кресты; двое приговорены к тюрьме, и было вырыто и сожжено шесть трупов; брата одного осужденного сожгли в Авиньоне. Все еретики, наказанные в 1319 г., были из Оша, между тем прозвище бургундцев, данное народом вальденцам, указывает на то, что Франш-Контэ продолжал быть главным центром ереси. На ауто 1322 г. многие осужденные были беглецами, пришедшими из Бургундии, где вальденская церковь имела правильную организацию и иерархию.
Бернар Ги дает ценное изложение вальденского учения в том виде, как оно существовало в его время, после полуторавекового преследования, когда вальденцы окончательно порвали с католичеством и только свою церковь считали истинной. У них были епископы, священники и диаконы. Ежегодно в одном из больших городов собирались два или три главных капитула, назначали духовных лиц и устанавливали, какие меры следует принять для распространения их учения. Вальденцы не признавали таинства священства. Правда, они верили в пресуществление, но обращение хлеба и вина в тело и кровь Иисуса Христа зависело от нравственной чистоты совершавшего богослужение. Человек грешный не мог освятить Святые Дары, тогда как это мог совершить всякий добродетельный мужчина или женщина. Так же смотрели и на отпущение грехов; право вязать и разрешать было дано Христом непосредственно всякому, кто принимал исповедь и накладывал епитимьи. Эта упрошенная вера не знала Чистилища, поэтому заупокойные обедни и обращение к посредничеству святых были излишни; и вообще святые никого не слушали и никому не помогали; мнимые чудеса, творимые от их имени в церквах были обманом; не надо было соблюдать постов и предписанных календарем праздников; индульгенции, выгодно продаваемые римской Церковью, ничего не стоят. Клятва и человекоубийство были безусловно запрещены. Остаток традиционного стремления к аскетизму побуждал их вести образ жизни вроде монашеского братства, члены которого отрекались от всякой личной собственности и давали обет целомудрия и послушания высшему. Бернар Ги не придавал большого значения слухам о свальном грехе, который происходил будто бы на их ночных собраниях; но, впрочем, он упоминает об. этом, как и о народном веровании в то, что на собрания вальденцев приводили собаку, которая хвостом окропляла присутствовавших.
Учение вальденцев, заключавшее в себе также и непротивление злу, делало этих еретиков вообще легкою добычею инквизитора. Однако жестокое преследование, предпринятое в это время инквизитором Прованса, вызвало кровавое возмездие. В 1321 г. инквизитор поручил двум монахам произвести расследование в епархии Баланса. Ранее множество граждан было там присуждено к унизительному ношению крестов. При приближении новых инквизиторов осужденные и их друзья составили заговор и убили этих монахов.
Несколько вальденцев было захвачено в 1328 и 1329 гг. каркассонским инквизитором. Преследование в следующие годы никогда не прекращалось полностью; тем не менее ересь продолжала расти; учение вальденцев было доступно бедным и неграмотным, и поэтому все более проникало в народ, несмотря на все усилия инквизиции.