Когда в мае 1453 г. Константинополь перешел в руки турок, Стефан Томаш поспешил послать посольство к Мухаммеду II с изъявлением покорности. Ввиду все более и более грозившего вторжения турок невозможно было вести преследования; тем не менее папы дали Стефану Томашу часть денег, собранных на крестовый поход. Катары были унижены и наказаны, насколько это было возможно при данных обстоятельствах; вскоре они образовали в стране опасную партию недовольных. В 1459 г. король подтверждает Пию II, что он энергично преследует еретиков, и просит прислать новых епископов. Одним из последних актов его царствования была отправка к папе епископа Ноны с тремя вельможами катарами – Юрием Кучиничем, Стойсавом Твертковичем и Радованом Виенценичем, выразившими желание обратиться. В 1461г., во время войны с хорватскими вельможами, Стефан был убит своим сыном Стефаном Томашевичем и своим братом Радивоем. Это отцеубийство дало Стефану Томашевичу терновую корону. На севере он имел врага в лице Матвея Корвина; на западе вел войну с Хорватией; на юге у него был врагом Стефан Вукшич; на востоке в Сербии, обращенной в турецкий пашалык, Мухаммед II только ждал удобного случая, чтобы подчинить себе и Боснию. Окруженная со всех сторон врагами, страна и внутри была беспокойна; она была полна явных и тайных катаров, исполненных жажды мщения и готовых позвать на помощь первого встречного. Единственная надежда нового короля была на помощь христианского мира. Чтобы заслужить ее, он деятельно старался укрепить в своих владениях католическую Церковь; но это только ускорило его падение. От Пия II он добился только того, что легату – аббату из Спалатро были даны инструкции собирать деньги и набирать крестоносцев. Он заключил союз с Матвеем Корвином, уплатив ему крупную сумму денег, отдал ему несколько замков, порвал все отношения с турками и прекратил уплату дани Мухаммеду II. Всеми этими поступками он отдалил от себя своих подданных катаров и навлек на себя гнев султана. Много изгнанных из Боснии катаров нашли убежище в землях, занятых мусульманами; другие, особенно вельможи, вынужденные притворяться обращенными, поддерживали постоянные сношения с турками, сообщали им все, что делалось, и готовы были во всякое время оказать им помощь. О заключении договора с Матвеем Корвином было немедленно сообщено Мухаммеду, который, чтобы проверить это известие, отправил посла потребовать дани. Король Стефан свел турецкого посла в свое казнохранилище, показал ему деньги и заявил, что не желает платить требуемой с него суммы, потому что она нужна ему для защиты против врагов или для жизни в изгнании, если судьба лишит его королевства.
В течение 1462 г. разгневанный Мухаммед был поглощен делами в Валахии и отложил мщение до будущего года. Рим не понимал опасности положения и продолжал неизменно настаивать на своем желании ввести единую веру. Во время этой короткой передышки Пий II послал в Боснию ученых монахов, которым как на лучшее средство уничтожения ереси указал на подъем образования. Мухаммед за зиму и весну 1463 г. собрал в Андрианополе сто пятьдесят тысяч человек. Чтобы усыпить бдительность Стефана, он согла-сился на перемирие с ним на пятнадцать лет; когда послы Стефана возвращались с известием, за ними в четырех днях пути шла турецкая армия. Турки нигде не встретили сопротивления, пока не дошли до хорошо укрепленного королевского замка в Бобовце, способного выдержать продолжительную осаду; но начальник замка, граф Радак, катар, которого некогда принудили перейти в католичество, сдался через три дня; когда изменник потребовал себе вознаграждения, то Мухаммед упрекнул его в вероломстве и приказал обезглавить. Сдача Бобовца навела страх на всю страну. Более уже не думали сопротивляться; оставалось выбирать между бегством и подчинением. Король бежал к хорватской границе. Мухаммед-паша следовал за ним по пятам, и Стефану Томашевичу пришлось направиться в Ключ, причем ему обещали сохранить жизнь и свободу; тем не менее он был обезглавлен после того, как дал всем начальникам городов и замков приказ сдаться. В течение недели более семидесяти городов перешли в руки турок, а около середины июля вся Босния находилась в их руках. Тогда Мухаммед направился к югу и захватил земли Стефана Вукшича, но катары мужественно отстояли горы Герцеговины, и в конце июня турецкая армия отступила, уводя с собой сто тысяч пленных и тридцать тысяч молодых людей, обреченных стать янычарами.