Поражение и пленение внука Фридриха И, молодого Конрадина в августе 1268 г. в Тальякоцце, а затем жестокая казнь побежденного в октябре окончательно погубили одновременно Швабский дом и гибеллинов. Инквизиция отныне всюду могла свободно отправлять свои обязанности. В это время права, обязанности и делопроизводство святого трибунала были окончательно выработаны и повсеместно признаны; не было ни одного препата, ни одного владетеля, которые осмелились бы подвергнуть их сомнению.
Еще Иннокентий IV разделил в 1254 г. полуостров между двумя орденами, предоставив Геную и Ломбардию доминиканцам, а Центральную и Южную Италию францисканцам. В Римскую и Тосканскую провинции было назначено по два инквизитора; в Сполето, или провинцию св. Франциска, один; но в 1261 г. каждому инквизитору было дано по два помощника, а провинциальным было предоставлено право назначать сверх этого столько, сколько понадобится. В Ломбардии было восемь инквизиторов, а когда в 1304 г. доминиканцы разделили эту провинцию, то в Верхней Ломбардии стало семь инквизиторов, в Нижней – три. Тревизская Марка и Романья были поручены францисканцам. Их вымогательства были настолько невыносимы, что в 1302 г. Бонифаций VIII передал эти округа доминиканцам, что не принесло населению особого облегчения. Победители сейчас же стали вводить в землях, завоеванных у гибеллинов, единство веры. Уже в феврале 1259 г. францисканскому министру Болоньи было приказано назначить двух монахов-инквизиторов в Римскую провинцию. Как только Виченца успокоилась после смерти Эццелино, туда явился брат Джованни Скио, чтобы снять с населения отлучение от Церкви, тяготевшее над ним за послушание Эццелино. В Павии был открыт и сожжен еретический епископ; два дьякона и восемь других совершенных еретиков упорствовали в своих заблуждениях и были сожжены. В Пьяченце инквизиция сожгла двадцать восемь повозок еретиков. В Сермионе жители в течение шестнадцати лет не допускали у себя преследования и, будучи сами хорошими католиками, оказывали покровительство еретикам. Возмущенный этой нечестивой веротерпимостью, епископ Веронский обратился к тиранам Вероны и Мантуи с просьбой «образумить» Сермионе. В 1276 г. мятежный город был вынужден покориться, выдал больше сотни совершенных, смиренно умолял восстановить католичество и обещал выполнить все требования Церкви. Инквизитор Тревизо запросил папу Иоанна XXI о том, какую епитимью следует наложить на город. Папа предписал инквизитору снять отлучение, если город назначит синдика (поверенного), который от имени всех граждан отречется от ереси и принесет присягу, что в будущем будет арестовывать и выдавать инквизиции всех еретиков. Всякое нарушение этой клятвы влекло за собой новое отлучение. Затем всякий гражданин должен был лично явиться к инквизитору, сознаться во всем, что касалось ереси, отречься и выполнить епитимью, которая будет наложена на него. Таким путем граждане избежали всех позорных наказаний, тюрьмы, конфискаций и лишения права на занятие общественных должностей. О каждом должен быть составлен подробный протокол, и если кто утаит правду или снова впадет в заблуждения, то с ним поступят по всем строгостям законов. Что же касается закоренелых еретиков, следовало судить строго согласно с канонами: семьдесят еретиков были осуждены инквизитором и сожжены. В 1278 г., чтобы обеспечить чистоту веры, в Сермионе был основан францисканский монастырь, причем на его постройку пошло четыре тысячи лир штрафа, уплаченного Вероною; этот штраф являлся одним из условий, на которых был снят с города интердикт, наложенный за его помощь несчастному Конрадину. В 1289 г. замок Эццелино в Иллазио был отдан нескольким знатным лицам, отличившимся в борьбе против Сермионе; это было одновременно и наградою им и поощрением в дальнейшей поддержке инквизиции.
Ересь, лишенная всякого покровительства, была постепенно совершенно уничтожена, и инквизиция прочно основала свое могущество во всей стране. В областях, бывших некогда гибеллинскими, ни один человек, как бы ни было чисто его католичество, не мог считать себя безопасным от преследования; достаточно было дурно отозваться о деятельности инквизиторов или иметь состояние, которое обратило бы на себя их внимание. В захваченных владениях Эццелино инквизиция преследовала еретиков и конфисковала их имущество. Когда современники Эццелина перемерли, стали возбуждать дела против мертвых и лишать наследников состояния.